在世界最初的时候，亚卡拉之树孕集天地精气，诞生了最初的巨人，那个时候天地一片馄饨，没有光没有暗，随着漫长的岁月，生命之树不断的成长，开始诞生出各种各样的生物，而神灵也是这个时候诞生的，他们居住在世界树的树根底下（也就是小说里主角去的冥界）。
有一天，在世界树下的矮子生物其中15个获得了生命果实，他们拥有了强大的力量，神王率领天神推翻了巨人的通知，随后巨人时代结束，开启了神纪元。
神灵拥有强大的力量和智慧，利用亚卡拉之树制造出了光和水，于是世界第一次有了光，神王用亚卡拉之树的树根做出了弑神之枪（也是通天塔王们的武器），神族在世界树上建立起了巨大的城市，居住在顶端，统御者世界，其中一个特殊的神灵利用生命树制造出了人类，也就是人类最初的始祖亚当。亚当因为偷食用智慧果实，被神王从神界驱逐到下界。但在这个时候神灵们遇到了最黑暗的时刻，世界失去了光，被黑暗笼罩，众神陨落，上界完全被毁成碎片，许多神陨落，只有很少的神活了下来，他们纷纷躲在世界各地，害怕苏醒，进入漫长的沉睡。其中一些神留下了后市的黑暗启示录，记载了神纪元灭亡的恐怖原因。
（其中海神已经只剩下一丝残魂，躲在海底深处，在小说里死亡海上列车里篇，漠羽体内的死灵听到来自深海的召唤，荒里的剑魔听就曾在深海里与邪神大战，还有在与漠羽互刺心脏的猫人也有着邪神的线索，梦神则是躲在了青木大学的颠倒的岛屿下面，后来被主
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角操纵造成了震惊世人的大屠杀事件，太眼神陨落在太阳岛，它的神火成为神官力量的来源，这也是为什么太阳岛进行飞升的人为何这么强的根本原因）
不久神纪元结束。
ps:在这里说一下住在世界树上的乌鸦，它是漠羽的老师，也是知道世界真相的人，荒背后的实际操纵者，就连荒的老大六花之眼都对他十分警惕，因为这是真正在神纪元活过的老怪物）