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至此开始，机皇帝展开对平民的攻击，未来的世界才逐步走上了灭亡的道路。
只要人类心中的贪欲不会消失，机皇帝军团它们的攻击就再也不会停止。
而在这个时候，意识到只有端正人们的心态才能够真正挽救世界的ZONE站了出来，他想到了曾经的英雄不动游星。
正如永动机MOMENT内部的“游星粒子”那样可以连接各基本粒子支持永动机的运转，链接人心才是王道。
ZONE将自己的身体和思维进行改造将不动游星的数据克隆在自己身上，让自己成为了不动游星的同时，并且创造了“明镜止水”的思想。
只有让自己心如止水抵消掉**，学会互相尊重、互相帮助之后，才能挽救人心、挽救未来。
Z-ONE借助游星的力量使他所在城市的人们拥有了正义之心，就这样ZONE将自己的思想传播给了更多受到被机皇帝攻击后的幸存者们。
人们也逐渐接受了ZONE的理念，慢慢的开始学会分担困难学会关爱需要帮助的人。
机皇帝也停止了对这些幸存者的攻击，永动机MOMENT停止了在Z-ONE的城市实施的灭绝行动。
ZONE带着幸存下来的人们一路奔波，他们本以为只要将“明镜止水”的思想传播更多的人，就能挽救这个已经濒临崩溃的世界了。
一切看上去都是那么的美好，但是事实并没有想象中的那么美好。
时间从来不会等候别人来行动，对于人类他们来说，亡羊补牢的行为现在已经太晚了。
因为战争人们的负面情绪越来越多，ZONE和他的伙伴们已经来不及教导更多的人了。
由于其他城市的人的**无限的膨胀，导致永动机MOMENT无法判断人类的好坏，最终只好开始自我毁灭的步骤。
永动机MOMENT开始了从暴走转向了逆向旋转，并且发布了最后的命令：自爆毁灭。
机皇帝军团如同雨点般向着地面展开自杀式攻击，对人类赶尽杀绝。
ZONE自己虽然在这次全球性的打击中活了下来，但是身边的人因此一个一个的离开了他。
所以作为游戏王5DS当中的大BOSS：“ZONE”，他曾经在不动游星等人面前说过：
“我努力的挽救人心，但是为时已晚了。”
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深感无能为力的ZONE，最终一个人开始了末世的流浪，并且在废墟之中的世界里面，逐渐找到了同为幸存者的帕拉多克斯、阿波利亚、安提诺米三人。
几个孤独的灵魂汇聚在了一起，他们决心拯救他们已经要毁灭的世界。
既然他们不能够做到改变现在，那么他们就决定尝试去改变过去和未来！！
至此，ZONE、阿波利亚、帕拉多克斯、安提诺米展开他们穷极一生的研究！！
可是因为人生的短暂，随着年龄的增大和身体的逐渐老化，身边的伙伴们也逐个因为寿命消失的到来，一个又一个离开了ZONE的身边。
最后随着帕拉多克斯、安提诺米、阿波利亚的离开，ZONE也成为了这个世界上最后一个人类，同样也成为了世界上最后一个能够拯救世界的救世主。
而在阿波利亚临死前他希望ZONE能将自己的记忆做成三个机器人，将自己最痛苦的三个绝望的记忆保存下来。
于是太一三皇帝就此诞生，他们分别是卢奇亚诺、普拉西多、何塞，永远的成为ZONE的仆人。
在将同伴们的记忆保留下改造成机器人后，只留下ZONE一个人作为人类历史消亡的见证者。
这个最后的人类见证了身边所有的朋友消亡之后，他的拯救计划开始了。
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阿波利亚他的三个分身作为太一三皇帝改变着历史进程，被授予完成“回路”来召唤出“弧形摇篮”以此毁灭“新童实野市”的任务。
利用五千年前的传说诱导鲁德格·哥德温引发了“零点反转”，并且准备暗痣人和龙痣人的斗争，以此来毁灭永动机MOMENT。
如果说剧场版中回到过去准备毁灭决斗怪兽历史的帕拉多克斯，作为一名敢于一挑三位决斗王的大反派BOSS和猛士。
“太一三皇帝”同样可以说是游戏王5DS“暗痣篇”的某后黑手。
所以阿波利亚和帕拉多克斯一样是进行毁灭任务，只是历史时间阶段不同。
而安提诺米则作为ZONE微弱的可能性，被ZONE植入记忆改造成机器人后送到游戏王5DS的时代，以此来帮助主角不动游星成长和蜕变。
这便是ZONE的内心中最后存在的那么一丝的希望。
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终于在ZONE等人的布局完成之后，一切的故事已经准备就绪了。
在《游戏王5ds》故事发生的十七年前，永动机MOMENT是由海马公司MOMENT部门投资研发。
永动机MOMENT由不动游星的父亲不动博士和葛德温兄弟作为主要开发负责人带头研发，不动博士发现了神奇的物质——“游星粒子”，并与哥德温兄弟一起以此为基础研制永动机MOMENT。
起初研究工作非常顺利，但之后伴随着研究市区和许多地方出现了气候异常的现象。
不动博士主张终止研究，但是哥德温兄弟的哥哥——鲁德格·哥德温拒绝停止研究。
鲁德格在自身前往发生气候异常现象的南美纳斯卡地区时，遇到了自称“太一”（illiaster）组织的神秘西装男子，并从他那里听说了五千年前红龙（奥特玛雅·卓尔金）和邪神（地缚神）的战斗。
神秘男子让他继续研究永动机MOMENT，而鲁德格也从游星粒子的光芒中看到了永动机MOMENT的可能性和神明的战斗，并同时被红龙和邪神选中。
于是他切下了自己带着红龙印的左手交给了弟弟雷克斯，并告诉他多年之后他会带领带有暗痣的决斗者与他领导的持有红龙痣的决斗者战斗，最后让他赶紧离开这里。
接下来，鲁德格就在永动机MOMENT不稳定的情况之下，一意孤行启动了永动机MOMENT，造成了被称为“零点反转”的灾难。
巨大的力量将永动机MOMENT所在的区域与市区撕裂开来，无数人死于海啸和地震。
不动博士在危急关头，将自己年幼的孩子——不动游星，放入了紧急脱出装置中并使其脱逃，自己却死于这场灾难。
至此，一切的故事正式开始。
而现在神盾局获得了【机皇帝智帝】的石板，并且有着宇宙魔方在手，还有着不动一斗博士的帮助。
如果不出意料的话，意外很快就会发生。
神盾局想要毫无代价的使用永动机MOMENT的能力，那是不可能的！！
贯彻落实永动机MOMENT理念的机皇帝军团很快就要来了！！！
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