第二天，到了西顿，犹流宽待保罗，准他往朋友那里去，受他们的照应。从那里又开船，因为风不顺，就贴着塞浦路斯背风岸行去。过了基利家、旁非利亚前面的海，就到了吕家的每拉。在那里，百夫长遇见一只亚历山大的船要往意大利去，便叫他们上了那船。一连多日，船行得慢，仅仅来到革尼土的对面。因为被风拦阻，就贴着克里特背风岸，从撒摩尼对面行过。他们沿岸行走，仅仅来到一个地方，名叫佳澳。离那里不远，有拉西亚城。走的日子多了，已经过了禁食的节期，行船又危险，保罗就劝众人说：“众位，我看这次行船，不但货物和船要受伤损，大遭破坏，连我们的性命也难保。”但百夫长信从掌船的和船主，不信从保罗所说的；且因在这海口过冬不便，船上的人就多半说，不如开船离开这地方，或者能到非尼基过冬。非尼基是克里特的一个海口，一面朝东北，一面朝东南。这时微微起了南风，他们以为得意，就起了锚，贴近克里特行去。不多几时，狂风从岛上扑下来。船被风抓住，敌不住风，他们就任风刮去。贴着一个小岛的背风岸奔行。那岛名叫高大，在那里仅仅收住了小船。既然把小船拉上来，就用缆索捆绑船底，又恐怕在赛耳底沙滩上搁了浅，就落下篷来，任船飘去。他们被风浪逼得甚急，第二天，众人就把货物抛在海里。
到第三天，他们又亲手把船上的器具抛弃了。太阳和星辰多日不显露，又有狂风大浪催逼，我们得救的指望就都绝了。众人多日没有吃什么，保罗就出来站在他们中间说：“众位，你们本该听我的话，不离开克里特，免得遭这样的伤损破坏。现在我还劝你们放心，你们的性命一个也不失丧，惟独失丧这船。因我所属所事奉的上主，他的使者昨夜站在我旁边说：‘保罗，不要害怕！你必定站在凯撒面前；并且与你同船的人，上主都赐给你了。’所以众位可以放心，我信上主他怎样对我说，事情也要怎样成就。只是我们必要撞在一个岛上。”
到了第十四天夜间，船在亚得里亚海飘来飘去。约到半夜，水手以为渐近旱地，就探深浅，探得有十二丈；稍往前行，又探深浅，探得有九丈。恐怕撞在石头上，就从船尾抛下四个锚，盼望天亮。水手想要逃出船去，把小船放在海里，假作要从船头抛锚的样子。保罗对百夫长和兵丁说：“这些人若不等在船上，你们必不能得救。”
于是兵丁砍断小船的绳子，由它飘去。天渐亮的时候，保罗劝众人都吃饭，说：“你们悬望忍饿不吃什么已经十四天了。所以我劝你们吃饭，这是关乎你们救命的事；因为你们各人连一根头发也不至于损坏。”保罗说了这话，就拿着饼，在众人面前祝谢了上主，擘开吃。于是他们都放下心，也就吃了。他们在船上的共有二百七十六个人。即吃饱了，就把船上的麦子抛在海里，为要叫船轻一点。到了天亮，他们不认识那地方，但见一个海湾，有岸可登，就商议能把船拢进去不能。于是砍断缆索，弃锚在海里，同时也松开舵绳，拉起头篷，顺着风向岸行去。但遇着两水夹流的地方，就把船搁了浅。船头胶住不动，船尾被浪的猛力冲坏。兵丁的意思要把囚犯杀了，恐怕有洑水脱逃的。但百夫长要救保罗，不准他们任意而行，就吩咐会洑水的，跳下水去先上岸，其余的人可以用板子或船上的零碎东西上岸。这样，众人都得了救，上了岸。我们既已得救，才知道那岛名叫马耳他。
土人看待他们，有非常的情分；因为当时下雨，天气又冷，就生火接待我们众人。那时，保罗拾起一捆柴，放在火上，有一条毒蛇，因为热了出来，咬住他的手。土人看见那毒蛇悬在他手上，就彼此说：“这人必是个凶手，虽然从海里救上来，天理还不容他活着。”保罗竟把那毒蛇甩在火里，并没有受伤。土人想他必要肿起来，或是忽然仆倒死了；看了多时，见他无害，就转念说：“他是个神！”
离那地方不远，有田产是岛长部百流的。他接纳他们，尽情款待三日。当时，部百流的父亲患热病和痢疾躺着。保罗进去为他祷告，按手在他身上，治好了他。从此，岛上其余的病人也来得了医治。他们又多方地尊敬师徒一众，到了开船的时候，也把他们所需用的送到船上。
过了三个月，我们上了亚历山大的船往前行。这船以“宙斯双子”为记，是在那海岛过了冬的。到了叙拉古，他们停泊三日，又从那里绕行，来到利基翁。过了一天，起了南风，第二天就来到部丢利。在那里遇见弟兄们，请使徒与他们同住了七天。这样，他们即到罗马。那里的弟兄们一听见他们的信息，就出来到亚比乌市和三馆地方迎接他们。保罗见了他们，就感谢上主，放心壮胆。进了罗马城，百夫长把众囚犯交给御营的统领，惟有保罗蒙准和一个看守他的兵另住在一处。过了三天，保罗请犹太人的首领来。他们来了，就对他们说：“弟兄们，我虽没有做什么事干犯本国的百姓和我们祖宗的规条，却被锁绑，从耶路撒冷解在罗马人的手里。他们审问了我，就愿意释放我，因为在我身上并没有该死的罪。无奈犹太人不服，我不得已，只好上告于凯撒，并非有什么事要控告我本国的百姓。因此，我请你们来见面说话。我原为以色列人所指望的，被这链子捆锁。”
他们说：“我们并没有接着从犹太来论你的信，也没有弟兄到这里来，报给我们说你有什么不好处。但我们愿意听你的意见如何，因为这教门，我们晓得是到处被毁谤的。”他们和保罗约定了日子，就有许多人到他的寓处来。保罗从早到晚对他们讲论这事，证明天国的道，引摩西的律法和先知的书，以耶稣的事劝勉他们。他所说的话，有信的，有不信的。他们彼此不合，就散了。未散以先，保罗说了一句话，说：“圣灵藉先知以赛亚向你们祖宗所说的话是不错的。他说：‘你去告诉这百姓说，你们听是要听见，却不明白；看是要看见，却不晓得。因为这百姓油蒙了心，耳朵发沉，眼睛闭着；恐怕眼睛看见，耳朵听见，心里明白，回转过来，我就医治他们。’所以你们当知道，上主这救恩如今传给外邦人，他们也必听受。”保罗说了这话，犹太人议论纷纷地就走了。
保罗在自己所租的房子里住了足足两年。凡来见他的人，他全都接待，放胆传讲天国的道，将主耶稣基督的事教导人，并没有人禁止。两年之后获得释放，时约63年。获释之后的保罗曾去过马其顿、特罗亚、尼哥波立等各地巡视教会、探访同工。又于68年再度被捕入狱，然而在此五年当中，除了提摩太前书和提多书以外，并没有写给其他教会的书信。保罗最后一次被捕入狱，情形与前次大不相同，因法庭不需再等待原告的对质，所以有严谨约束、速判速决的可能。除了医生路加以外，所有的同工、朋友们都不在身边，又因为当时有连坐处分的危险，连探监的人都及其稀少。保罗知道他们的为难，所以说‘但愿这罪不归与他们’。还好保罗拥有罗马公民的身分，尚有较优渥的待遇，得以接见亲朋，提摩太后书就是于此时完成的。经过多次的庭审，至终被判定为死刑，又因他是罗马公民，所以不需要受钉十字架的酷刑，被刽子手带到南城的刑场斩头殉道。