同母兄
琅玡悼王司马焕
异母兄
晋明帝司马绍
琅琊孝王司马裒
东海哀王司马冲
武陵威王司马曦
后妃
简文顺皇后王简姬,王遐之女,生司马道生、司马俞生
胡淑仪,生司马郁、司马朱生
王淑仪,生司马天流
李陵容,生司马曜、司马道子、鄱阳公主
徐贵人,生新安公主
子孙
儿子
司马昱有七子:其中有三人长大成人,其余四人早殇,但长大的三人除长子司马道生外皆死于非命。
思世子司马道生
司马俞生,早殇
临川献王司马郁,早殇(追赠)
司马朱生,早殇
司马天流,早殇
晋孝武帝司马曜
会稽文孝王司马道子
女儿
鄱阳公主,嫁王恭弟王熙,李陵容生
新安公主司马道福,初封余姚公主,先嫁桓济,后改嫁王献之
武昌公主,嫁桓修
寻阳公主,嫁王袆之
孙女
晋陵公主,嫁谢安之孙、谢琰之子谢混,南朝宋时期降为东乡君
鄱阳公主,下嫁王导曾孙王嘏
孙子
晋安帝司马德宗
晋恭帝司马德文
会稽忠世子司马元显
《晋书·卷九·帝纪第九》:简文皇帝讳昱,字道万,元帝之少子也。幼而岐嶷,为元帝所爱。郭璞见而谓人曰:“兴晋祚者,必此人也。”及长,清虚寡欲,尤善玄言。
《晋书·卷九·帝纪第九》:永昌元年,元帝诏曰:“先公武王、先考恭王君临琅邪。继世相承,国嗣未立,蒸尝靡主,朕常悼心。子昱仁明有智度,可以虔奉宗庙,以慰罔极之恩。其封昱为琅邪王,食会稽、宣城如旧。”
《资治通鉴·卷第九十三·显宗成皇帝上之上》:丙寅,徙琅邪王昱为会稽王,吴王岳为琅邪王。