子女
皇子
长子朱载基（1533－1533）（《弇山堂别集》作朱载填），是明世宗朱厚熜庶长子，母阎贵妃。朱载基在嘉靖十二年八月十九日出生，两个月后十月十日去世，追封谥号哀冲太子，葬西山。
二子朱载壡（1536－1552），是朱厚熜庶次子，母王贵妃。朱载壡在嘉靖十五年出生，嘉靖十八年立为太子，嘉靖三十一年去世，年十七岁，追封谥号庄敬太子，葬西山。
三子朱载垕（1537－1572），母杜皇后，封裕王，后继位为皇帝，即明穆宗；明穆宗朱载垕为明朝第十二位皇帝。
四子朱载圳（1537—1565），与明穆宗朱载垕同岁，仅小一月，母靖妃卢氏。嘉靖十八年（1539年）被封景王，嘉靖四十四年正月死于德安（湖北安陆）王府，无子撤藩，谥恭。
五子朱载（1537－1538），母江肃妃，出生一天就夭折，死后追封为颍王，谥曰殇。
六子朱载，母赵懿妃，封戚王，谥戚怀王。
七子朱载?，母陈雍妃，封蓟王，谥蓟哀王。
八子朱载，母赵荣妃，封均王，谥均思王。
公主
常安公主（1536－1549）朱寿媖，曹端妃所生。嘉靖十五年八月戊戌日生，九月十五日嘉靖帝赐名寿媖。嘉靖二十八年七月去世，终年十四岁，未下嫁，嘉靖帝为此辍朝一日，诏治丧如归善公主例。
思柔公主（1538—1550）朱福媛，母王徽妃，逝于明世宗嘉靖二十八年，年仅十二岁，逝世后追封为思柔公主。
宁安公主（1539-1607）（《国榷》作成平公主）名朱禄媜，明朝公主，明世宗朱厚熜第三女，曹端妃所生，后母沈贵妃。在母亲曹端妃死后，朱禄媜由庶母沈贵妃抚养成人。嘉靖三十四年，公主下嫁李和，生子李承恩。后累进大长公主。有同母姐妹常安公主朱寿媖。
归善公主（1541－1544）朱瑞嬫，母陈雍妃。嘉靖二十年正月六日生，二十三年薨，年四岁。追册，葬祭视太康公主（朱秀荣）。
嘉善公主（1541—1564年）朱素嫃，明世宗女，母德妃张氏。明世宗嘉靖三十六年，公主下嫁许从诚。公主逝世于嘉靖四十三年。
轶事典故
信奉道教
嘉靖帝信奉道教、敬鬼神，这与他从小生长的环境关系密切。荆楚之地本就是道教的源头，嘉靖帝的父母也尊信道教，耳濡目染对嘉靖帝的影响不言而喻。嘉靖帝个性很强，认定的事大多难以改易，他不仅本人信道，当上皇帝以后，还要全体臣僚都要尊道，尊道者升官发财，敢于进言劝谏者轻则削职为民，枷禁狱中，重则当场杖死。嘉靖帝时道士邵元节、陶仲文等官至礼部尚书，陶仲文还一身兼少师、少傅、少保数职，这在明朝历史上是空前绝后的。