嘉靖三十九年接任的是朱希忠，他是“靖难“功臣朱能的后人，袭封成国公。
万历朝张居正时代的指挥使是刘守有，他是名臣子弟，出身好。后期是骆思恭，到天启四年，在“移宫案“中出了大力，可惜被魏忠贤陷害。接任指挥使的是田尔耕。
崇祯皇帝继位后完结。接任的是骆思恭的儿子骆养性。之后是吴孟明，缓于害人而急于得贿。
其中提到的万历年间的锦衣卫指挥使刘守有，他就是张居正家老下人门卫老刘的儿子。刘家和张家有三代交情，老刘假死躲在张家，张居正收留了老刘。老刘把自己的职务和锦衣卫传承给了儿子刘守有，从此老刘就是一个张家的老奴才了。刘守有曾经在张家的训练场接受过训练，从小认识张家和张居正。父亲成为张居正家奴之后，刘守有等于投靠了张居正。
其实就算刘守有不投靠张居正，张居正也有办法让刘守有服从自己。张居正可以用老刘作为威胁，逼着刘守有为自己做事。刘守有为人还算正直，又是一个孝顺孩子，一定不会对老刘不管不顾。再说了锦衣卫有十分严格的规矩，像老刘这样当逃兵的人，在锦衣卫内部是要一家子都收到最严厉的处罚的。为了老刘也好，为了刘家也好，刘守有不得不选择和张居正合作。刘守有服从于张居正，张居正为刘守有保留秘密照顾好父亲老刘。从此刘守有在张居正的安排下工作，有了脑子比较活络的张居正帮忙策划，刘守有可以说是在锦衣卫顺风顺水。
随着张居正在朝廷地位越来越高，刘守有在锦衣卫的地位也水涨船高。刘守有是张居正的人，这个秘密在锦衣卫内部和皇室几乎成为了半公开的。刘守有作为锦衣卫指挥使，在张居正面前就像张居正的家奴，不但十分恭敬而且对于张居正的话百分百遵从，这让皇室和小皇帝十分不高兴。只不过当时张居正力保刘守有这个锦衣卫指挥使，小皇帝也不敢轻易换了刘守有这个锦衣卫指挥使。
张居正死后，张居正的案子还没有出来，刘守有就主动像小皇帝辞去锦衣卫指挥使的职务。小皇帝鉴于刘守有比较老实，又没有做出什么天怒人怨的事情，对于皇室和小皇帝也算恭敬，就放过了刘守有。张居正案子发了之后，许多事情牵连到了刘守有，刘守有被重新抓了起来。最后刘家失去了锦衣卫军户资格，刘守有也被逼死在了锦衣卫诏狱里面。
东厂，明代官署名。即东缉事厂，中国明代的特权监察机构、特务机关和秘密警察机关。明成祖于永乐十八年(1420年)设立东缉事厂(简称东厂)，由亲信宦官担任首领。地点位于京师(今BJ)东安门之北(一说东华门旁)。明中叶后期锦衣卫与东西厂并列，活动加强，常合称为“厂卫“。东厂权力在锦衣卫之上，只对皇帝负责，不经司法机关批准，可随意监督缉拿臣民，从而开明朝宦官干政之端。
历史背景
朱棣在靖难之役中用武力非法推翻了建文帝政权，在南京自行登基，改元永乐，是为明成祖永乐皇帝。但当时社会上对永乐政权的合法性异议纷起。一方面建文帝未死的流言不时出现，另一方面朝廷中的很多大臣对新政权并不十分支持。而朱棣亦对朝廷大臣多不信任。
他觉得设在宫外的锦衣卫使用起来并不是很方便，于是决定建立一个新的机构。在朱棣起兵的过程中，一些宦官和和尚出过很大力(如著名的郑和、道衍)，所以在他心目中，
还是觉得宦官比较可靠，而且他们身处皇宫，联系起来也比较方便。于是朱棣一反太祖关于宦官不得干预政事的禁令，重用宦官。
机构沿革
永乐十八年(1420年)十二月，明成祖朱棣为了镇压政治上的反对力量，决定设立一个称为“东缉事厂“，简称“东厂“的新官署，命所宠信宦官担任首领。建立东厂还有监视锦衣卫的意图。东厂建立更深的背景是明代加强中央集权。起初直接受明成祖指挥，后来统辖权移到宦官手里，其权力在锦衣卫之上。