可惜建文帝手下虽有众多名将，也打了不少胜仗，却因为不能彻底歼灭朱棣，而把大军的指挥权交给了李景隆。李景隆是明朝开国大将李文忠的儿子，却是个不折不扣的纨绔子弟，只有他一个人把“毋使朕有杀叔父名”这条命令当真了，下令不得伤害燕王朱棣。从此朱棣开始有如神助，甚至率领十多名骑兵窥探李景隆大营，被发现后也无人敢攻击，大军目送朱棣离开，连一个放箭的都没有（诸将皆以帝有诏，毋使朕负杀叔父名，仓卒相顾愕眙，不敢发一矢）。
有了护身符的朱棣轻易击败了李景隆大军，杀到南京城下。面对建文帝使者的责问，这时的李景隆还搬出“毋使朕有杀叔父名”这道圣旨，来为自己的失败辩解，自然很快被撤职，但迷惑的是，建文帝又让他负责南京城的防卫。李景隆权衡一番，认为即使守住城池，也难免被建文帝追责，不如投降燕王，立下大功，还能保住自己的荣华富贵。于是李景隆打开南京城门，迎接燕王大军，建文帝见大势已去，放火焚烧宫殿，从此下落不明。
那就是朝中文武大臣嚷嚷着要讨伐燕王朱棣可以，要踏平燕王府也可以，但绝对不可以刀斧相向，绝对不可以伤害自己的这位叔叔一根毫毛，绝对不可以。
以李景隆为首的大臣，虽说有些懵逼，但在张丹青看来，这一切一切都显得那么幼稚可笑，自己对朝廷的剿抚行动已经不抱多大希望了，安安心心的做一天和尚撞一天钟，等着燕王朱棣登基称帝吧。
这句“勿使朕有杀叔之名”的原文，出自《明史.恭闵帝本纪》，原句如下：
王以十余骑逼庸营野宿，及明起视，已在围中。乃从容引马，鸣角穿营而去。诸将以天子有诏，毋使负杀叔父名，仓卒相顾愕贻，不敢发一矢。
朱棣带领着数十兵马逼近南军营地，结果被包围，但南军将领因为朱允炆曾经说过不要让自己背负杀害亲叔叔的恶名，所以都不敢下令放箭，射杀朱棣。于是乎，叛贼朱棣从容地从敌军营穿过，毫发无损。
建文帝的这个命令，非常令人费解。在中国古代，君臣身份是排在长幼身份之前的，参考汉高祖刘邦在取得政权后，他的父亲——太上皇刘老太公也要对他行君臣之礼，可见在中国古代儒家的观念中，“忠君”才是第一要位。从小博览群书，聪颖机敏的建文帝朱允炆，肯定很明白这一点。朱允炆发兵，是在燕王朱棣已经确确实实谋反的前提下，因此朱棣此时的身份就是叛贼，而不是皇叔。再者，在对朱棣动手之前，朱允炆已经对很多藩王下手，其中湘王朱柏——建文帝的另一个叔叔，就是被他逼死的。
从另一个角度来说，原文记载的这种场景下，武将们完全有机会将朱棣活捉，押解到南京接受审判，不一定非要杀死他。但这些武将却一动不敢动，几乎是目送朱棣成功侦查离开，非常违反常识。
所以，朱允炆在这种情况下说出这句话，其真实性存在很大的疑问。联想到中国古代的史学作品和文学作品的界限不清，很有可能这句话是着史之人杜撰出来的。
这样说来，朱棣的成功，并不是偶然。
朱棣当时手下的士兵，多是在边境与蒙古军交战厮杀的精锐之兵，同时朱棣本人也积极招募蒙古骑兵加入他的阵营；而南方的军队，多是由军户组成的，因为承平日久，战斗能力已然大大下滑，岂是朱棣部队的对手？更何况，朱棣后来兼并了同是精锐的宁王边军以及蒙古朵颜三卫，实力更是有了巨大提升。要知道，在任何时候，军队的素质都是决定战争胜败的关键因素。
将领的素质，是决定战争成败的另一个重要因素。毕竟，军队的数量再多，单兵素质再高，如果没有能够正确领导，那么军队的威力也是发挥不出来的。因此，在军队战斗力不给力的情况下，如果南军能够出现一位合适的将领，那未必就敌不过朱棣。然而，可惜的是，南军不仅军队素质不行，将领也没有几个能用的。南方资历最老的，是老将耿炳文，此人善于防守，然而与燕王的作战，需要的是进攻，能够进攻的将领，或是自然死亡（如常遇春，徐达），或是被朱元璋提前干掉（如蓝玉，冯胜，傅友德），建文帝实在是无人可用。不出预料，耿炳文惨败。唯一能和朱棣掰手腕的徐辉祖，根本得不到重用。
反观朱棣一方，朱棣本人就是一位出色的将领，他的儿子朱高煦更是出色的将才。除此之外，张钰，朱能等人，在后来都证明了是可用之将才。因此，朱棣在将领的质量方面存在着绝对的优势。
最后，谋士的作用也是非常重要的。朱允炆身边的三书生，齐泰，黄子澄，方孝孺，虽说是熟读儒家经典，且书生意气，善于指点江山，但毕竟都是些政治经验为零的青年才俊，说不好听就是愣头青，他们的建议都是纸上谈兵，从来不去考虑操作的可行性。面对这样的队友，朱允炆自然是在智谋方面完全被碾压。
因此，朱允炆这个愣头青，注定是无法削藩成功。因为他根本不是并经将强，老谋深算的四叔朱棣的对手。