耿炳文与朱棣两次接触，就损失了三万兵马，副将潘忠、杨松也被俘虏，张保更是投奔了朱棣。在诸将纷纷劝说他放弃真定，奇袭顺天时，耿炳文终于意识到了自己的长处并非进攻。他果断放弃围剿朱棣的想法，改而防守真定。
当时，朱棣正欲击溃耿炳文，借此壮大声威。可在发现耿炳文改变战术，趋向防守后，朱棣连续进攻多日都没有成效，就撤兵回城了。以朱允炆所占有的国土之大、物资之丰富，完全可以凭借耿炳文将朱棣耗死在顺天。然而，朱允炆过于急功近利，在耿炳文坚守真定时，他竟以李景隆取代耿炳文，召耿炳文回朝休养。结果李景隆兵败郑村坝、白沟河，损失兵马数十万。朱棣也在不断获胜之机，入主应天，取代朱允炆登基称帝。
朱棣称帝后，对建文旧臣展开了一波大清洗。方孝孺、景清、齐泰等40多位大臣被杀，牵连者多达万人。可朱允炆的姻亲、大战朱棣的耿炳文却并未受到牵连。对于极度怨恨建文旧臣，心胸狭隘的朱棣来说，这是不可想象的。
1403年，朱棣的魔爪还是伸向了赋闲在家的耿炳文。刑部尚书郑赐、都御史陈瑛诬告耿炳文僭越使用龙凤图饰，图谋篡位。大为震怒的朱棣将耿炳文痛骂一顿后，就下旨拘捕他全年老小。惶恐不安的耿炳文望着南方，叩首长拜后，含泪自杀。他的妻子、子孙也遭到了朱棣的屠戮。
然而，道光年间，在云南却出土了一块墓碑。墓碑的主人名叫耿琦，他是明初大将耿炳文的幼子。而立这块碑文的却是第一代黔国公、沐英的次子沐晟。当时，沐英曾迎娶耿炳文的妹妹为妻，因此沐晟与耿琦是表兄弟的关系。
根据墓志铭描述，在朱棣入主应天前，长兴侯耿炳文就已战死在真定。而在朱棣赶走朱允炆后，耿炳文的长子、驸马耿璿以及他的次子耿瓛皆被朱棣处死，耿炳文的妻子陈氏也在当年的6月23日身亡。因此，史籍中所记载的耿炳文死于自杀，且在他死后，他的全家老小一同被杀的谣言，也就不攻自破了。
无论耿炳文是自杀还是战死，他的悲剧都是朱棣、朱允炆叔侄二人造成的。朱棣的残忍好杀、朱允炆的昏庸无能，让为朱家打了48年天下的耿氏一门，灰飞烟灭了。而耿炳文的死，在朱棣眼中，也是死有余辜了。
算起来，这也是朱元璋大杀功臣的唯一漏网之鱼了，汉高祖刘邦平定天下后，论功行赏，首推萧何为“西汉王朝第一功臣”，诸多武将因萧何毫无战功而不服，就在这种情形下，着名的“功人功狗论”横空出世。
《史记·萧相国世家》记载，当时刘邦回怼武将说：“夫猎，追杀兽兔者狗也，而发踪指示兽处者人也。今诸君徒能得走兽耳，功狗也。至如萧何，发踪指示，功人也。”
刘邦把发号施令的萧何比作猎人，而把冲锋陷阵的武将们比作猎狗，在抬高萧何的同时，实则也贬损了武将的价值。被比喻成一条狗，想必武将们是非常不悦的，只是碍于说出此话的是皇帝本人，不好发作而已。但是，一千多年后却有一个人，他为了活下去，竟然主动自比作狗，此人便是大明王朝的开国功臣耿炳文。
那么，作为朱元璋晚年最器重的元勋，耿炳文到底为什么要自贬身价，自比作狗呢？
明太祖朱元璋是个争议性很大的历史人物，后世对他最大的诟病之处便是过河拆桥，残杀功臣。诚然，朱元璋在位31年，期间杀戮无数，仅在“洪武四大案”（空印案、胡惟庸案、郭桓案、蓝玉案）中，所杀之人就超过了10万。到朱元璋驾崩时，曾经位列公侯的开国功臣们，只剩下了郭英和耿炳文两人。
郭英之所以能高寿善终，主要得益于他有一位好妹妹（一说是姐姐）郭宁妃。郭宁妃是朱元璋的第一宠妃，马皇后去世后，朱元璋不再立新皇后，而代行皇后之责统摄六宫的正是郭宁妃。洪武晚期，郭宁妃实际上已经是后宫之主。正是在同胞姐妹郭宁妃的庇护下，郭英才得以保全了自己。
但是，另一位“幸存者”耿炳文的情况却截然不同。
耿炳文是朱元璋的的濠州（今安徽凤阳）老乡，他的父亲耿君用是朱元璋最早期的左膀右臂，早在朱元璋第一次回乡征兵时，耿君用便加入了起义军，属于和徐达、常遇春一批的元老。很快，耿君用因军功卓着被朱元璋任命为管军总管，但不幸的是，在至正十六年（公元1356年）攻打张士诚的宜兴之战中，耿君用战死沙场。耿君用死后，朱元璋悲痛万分，就让耿炳文承袭父职。
耿炳文承袭父职后，战功赫赫，屡次打败张士诚的军队，历任总兵都元帅、大都督府佥事等要职。洪武三年（公元1370年），朱元璋大封功臣，耿炳文获封长兴侯，食禄一千五百石，世袭罔替。
封侯拜将不难，难的是“权倾朝野而朝不忌，功高盖主而主不疑”。洪武王朝31年期间，朱元璋从未停止过屠戮功臣，但耿炳文却能在腥风血雨中遗世独立，活到最后。究其原因，除了军功和其父在朱元璋心中的特殊地位，更要归功于耿炳文自身的性格特点和处事风格。
耿炳文虽为武将，却深谙为臣之道。从胡惟庸到李善长，从蓝玉到傅友德，耿炳文眼睁睁地看着文武群臣一个个、一波波惨死在了朱元璋的屠刀下，他也曾惶惶不可终日。不同于汤和的见好就收、急流勇退，耿炳文保全自我的方法是谦卑到尘埃里，其中最典型的事例就是“自比作狗”。
洪武二十七年（公元1394年），耿炳文邀请翰林学士刘三吾撰写了一篇《追封三代神道碑铭》。写这种碑铭的惯用手法就是吹嘘自己的功德，但耿炳文则恰恰相反，他一心收敛光芒，再三叮嘱刘三吾措辞一定要谦卑低调，尽可能把自己的那些战功都归于朱元璋，并以刘邦的“功人功狗论”为参考，说自己不过是听指挥的猎狗，朱元璋才是发号施令的猎人，战功在人而不在狗。
刘三吾按照耿炳文的嘱咐，最终成文是这样的：“是功也，狗之功也，其敢以自名？今故为三吾言之也。然则侯前后所历战，百战百捷，其功大矣，侯虽不敢自名其功。而功之在侯，犹猎之不能忘犬，犬之不能忘所自也。如此其克有今日也，宜哉！”（节选自《敕赠开国辅运推诚宣力武臣荣禄大夫柱国秦王左相兼陕西行中书省右丞长兴侯耿炳文追封三代碑铭》）
耿炳文自比作狗，谦卑至此，实则是在释放一种信号：我愿忠诚如狗，绝不敢居功自傲。朱元璋因此对耿炳文十分放心，自始至终信任他，重用他，并把他留给朱允炆作为股肱之臣。
耿炳文的自保之道的精髓在于低调，在于谦卑，更在于懂得摆正自己的位置。
至于耿炳文的最终结局，有两种说法，其一是死于靖难之役中的真定之战，其二是兵败真定后，朱允炆以李景隆代耿炳文为主帅，朱棣篡位登基的第二年，耿炳文遭到刑部尚书郑赐、都御史陈瑛的弹劾，说他的衣服、器皿上有龙凤的图饰，大逆不道，耿炳文因此畏罪自杀而死。
但不论怎么说，用这样的一个擅长防守的大将去负责进攻燕王朱棣，这样的安排也够让人郁闷了的，但眼下的朱允文也没有更多的选择，毕竟能打的将领都已经被自己爷爷朱元璋杀光了。