修建了屯堡只是第一步，有了屯堡和兵士，还必须要有相应的武器。至于武器的种类嘛，无非分为近战兵器和远程兵器两种。
其实明末的近战兵器有很多种，后世所说的十八般兵器，如刀、枪、剑、戟、斧、钺、钩、叉、鞭、锏、锤、戈、镋、棍、槊、棒、矛等此时竟在大明军中都有配备。
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对于冷兵器的选择，戚继光曾说过过：“斧、钺、锤、戈、戟、钩镰等胆大艺精者可用，用于独马冲杀敌阵，却不可教队兵，不可堂堂当大敌。”
最后严亦飞决定还是沿用现有的腰刀，长枪，和盾牌三种。与此时明军中推崇的兵器多尔杂不同，严亦飞在军校时就学习过过战争史，他知道在十六世纪末到十七世纪，整个西方的兵器都是逐渐趋于简化到长矛和火枪两种。
不过此时西方的军事强国，敢于只使用长枪一种冷兵器，是基于他们长枪手多年纯熟的训练和配合。但是此时严亦飞手上大都还是普通百姓，无论在技艺还是纪律性都一时达不到西方同行的标准，因此他的长枪阵一旦被技艺精湛的后金巴牙喇兵们近了身，就会是一场灾难。因此他决定暂时还保留相应的刀盾兵编制。
至于远程兵器，严亦飞则抛弃了弓箭，改决定只选用鸟铳。其实严亦飞本人在后世是一个狂热的弓箭爱好者，反曲弓、传统弓、复合弓都有所涉猎。
不过正因为他熟知弓箭知道，所以才更加清楚的知道，弃用弓箭不是因为弓箭不犀利，而是制造购买成本太过高昂，而且合格的弓箭手也太难练
，没有几年时间很难见到成效，严亦飞也没有这样的时间和财力去支持他从零训练一批熟练的弓箭手。
而鸟铳手的训练则相对简单，无论是半大孩子，妇女或者是老人，只要力气足够举起鸟铳，经过一段时间的训练，都能成为一名合格的鸟铳手。
而且一支鸟铳也相对便宜，按照此时天启年间的价格，购买一支鸟铳需银五到六两。严亦飞私下里估计，如果他能自行生产鸟铳，并且在生产中引入一些后世的技术思路和管理手段，相信将单支鸟铳的价格降到三两银子甚至更低也不是不可能。
况且未来大规模使用火器也是未来历史的潮流，严亦飞没理由不选用鸟铳作为他未来军队的主战武器。
鸟铳又称鸟嘴铳，到了清代则称为鸟枪。鸟铳实则是明朝时，外国传入的单兵管形射击火器的统称，按传入的地域来命名鸟铳，所以才有了噜密铳、西洋铳、倭铳这些称号，当然它们在形制上会有些许的差别，但实为同类火器，其本质上都是火绳枪。
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至于鸟铳的来源鸟铳，则有很多种不同的说法：一是说鸟铳为中国固有，王圻在《续文献通考》中以戚继光在地窖中发现的永乐时期火器为依据，这一说法并不可信，因为戚继光本人都说鸟铳“中国原无，传自倭夷始得。”
二是说鸟铳传自日本，明朝戚继光、唐顺之的说法，“此器中国原无，传自倭夷始得之。”《兵录》、《武备志》皆沿用此说。
三是说鸟铳传自西番，《筹海图编》曰：“予按鸟铳之制，自西番流入中国，其来远矣，然造者多未尽其妙。”《阵纪》中所言的“鸟铳出自南夷。”
其实都是指来自于东南亚等海域游走的葡萄牙人。学者阎素娥也认为“鸟铳既不是日本人发明，也不是经由日本人为媒介，而是由当时活动在东南沿海上的中国人从西方人那里学来的”；
四是说鸟铳传自西域噜密国（即土耳其），这是明赵士桢在《神器谱》中的说法，他说道吐鲁番吞并哈密时，吐鲁番便借得噜密神器。南炳文先生就曾论说道：“早在成化至正德间，鸟枪已传到中国的新疆地区，这当是中国土地上出现鸟枪的开始。”
此时的鸟铳长约三尺有余，重五六斤，铳口以容三钱铅子大小为准。以熟铁打造铳身，铳管笔直，管内是一点点钻制而成，内中光滑。铳身嵌入木托，铳口要长于木托几分，托尾向下弯曲，以便于手握。木托腹中藏拥杖一根，用于装填火药、铅子。铳有照星与照门，火门有火门盖，使用龙头类火绳发火机制。
不过这鸟铳制造的工艺复杂，对制铳工匠的手艺也要求颇高，其实这鸟铳制造，最重要的是铳管的铸造技术。
《武备志》载：“鸟铳所贵在于造时炼铁熟，两筒相包，原孔甚小，用钢钻钻之，一日钻寸许，至底而止，一月钻光者为上。”可见打造铳管费时费力。
虽然茅元仪后来提出分解打造的妙法，但依旧对技术有很高要求。之所以铳管必须光直，是因为“透重铠之利在腹长，造时腹无孔，用钻钻虚，欲光直无碍，出口直。”铳管长，口径小，可令火药在内充分燃烧而产生较强的气体推动力，弹子也可有足够的初速度。铳管光直是为防止弹丸在铳膛内遇阻，致使出子无力或炸简。那么鸟铳的这种设计与要求就保证其射程与威力，提高安全系数。