过了两天，朱由检准许魏忠贤的对食奉圣夫人客氏出宫到私人宅第居住。魏忠贤上书乞请免去户部丧礼香蜡三万金，朱由检立即表示同意。
司礼监掌印太监王体乾请求辞职，朱由检不允，在九月二十五日，魏忠贤上书乞请停止为其建立生祠，朱由检批准以前生祠保留如故，不再新修，又夸魏忠贤“有功不居，更见劳谦之美”。
通过对魏忠贤、王体乾及其党羽的恩荫赏赐，在一定程度上打消了他们的疑虑，也麻痹了他们。
“阉党”成员南京通政使杨所修参劾崔呈秀等，朱由检反而“责其轻诋”；十月十四、十九日，另一“阉党”成员云南道御史杨维垣两度参劾崔呈秀各种罪状。
在崔呈秀倒台之后，魏忠贤成为下一个被弹劾的对象。自十月二十三日以来，陆澄源、钱元悫、钱嘉征等陆续弹劾弹劾魏忠贤罪状，，尤以贡生钱嘉征言辞最激烈，列举了“并帝”“蔑后”“弄兵”“无二祖列宗”“克削藩封”“无圣”“滥爵”“掩边功”“朘民”“通同关节”十条“滔天之罪”。
魏忠贤得知此疏，在朱由检面前痛哭流涕，连呼冤枉。朱由检不为所动，命内侍当廷诵读钱嘉征奏疏，让魏忠贤亲耳聆听，魏忠贤“震恐丧魄”。
魏忠贤以身体不适为由，请求辞职。徐应元本起于信王府，与魏忠贤相互勾结，但见魏忠贤将要失势，也请求养病，朱由检顺势批准魏忠贤、徐应元回家养病。
十一月初一日，朱由检在一切准备妥当之后，正式下旨将魏忠贤之罪昭告于世，贬魏忠贤至凤阳祖陵管理香火，客氏送至浣衣局收管。
魏忠贤出京时，带着大量随从，威风不减，不久，朱由检以魏忠贤“将素畜亡命之徒，身带凶刃，不胜其数，环拥随护，势若叛然”为由，下令将其逮捕至京。
行至阜城的魏忠贤从“阉党”成员李朝钦那里提前得知这个旨意，两人痛饮一番后双双自缢。
客氏被杖杀，崔呈秀亦自缢。其后，朱由检召回各地镇守太监，平反天启末年迫害东林党的冤狱，毁《三朝要典》，定“钦定逆案”，将魏忠贤等255人定为“逆党”，魏忠贤和客氏被凌迟戮尸，其党羽或处死，或削籍，或充军，从而实现了拨乱反正。时人评论此举“不动声色，潜移默夺，非天纵英武，何以有此”。
朱由检剪除魏忠贤后，兢兢业业，励精图治，力图挽回明朝的衰落，实现中兴之伟业。
朱由检训诫群臣，称在阉党垮台、“职掌还之各司”之后，群臣务必“致忠竭节”，洗刷积弊，以“为国节财，为民择吏”为要，同时“一切奏议有关国计者，遵我祖宗成法，不得妄议纷更”。
同时朱由检以身作则，勤于政事。他始终坚持经筵与日讲，不仅学习儒家经典，也作为听取讲官意见、与朝臣讨论时事的一个重要渠道，即使“边报纷纭”，经筵、日讲依然如故，甚至更加“精勤”。
朱由检每天“鸡鸣而起，夜分不寐”，宫中从无宴乐之事，朱由检坚持常朝，而且除了盛暑严寒之外，都会去文华殿召见重臣，讨论政事。
朱由检不仅在明朝皇帝中以勤勉著称，甚至被臣下誉为“汉、唐以来良所稀见”。
另一方面，朱由检亦留下礼部尚书温体仁、礼部右侍郎周延儒、吏部尚书王永光、兵部侍郎申用懋等非东林党的官员，以制衡东林党的势力，这四人被东林党称为“四凶”。
在朝堂之外，崇祯初年最大的难题是收复被后金占据的辽东。朱由检将这一重任交给了曾在天启末年相继取得宁远大捷和宁锦大捷的原任辽东巡抚袁崇焕。
但是…………
——未完待续——