在完善神霄派的体系方面，林灵素在组织、经书、神仙体系、科仪等各方面都做了很多工作，前面已经讲了很多了，不再赘述，当然了，这方面王文卿也有贡献。
在经书建设方面，林灵素规定了神霄派基本的大经和小经，大经是《黄帝内经》和《道德经》，小经是《庄子》和《列子》，这些都是经典，毋庸多言。其他经书还有《天元玉册》《神霄录》《集成玉篇》《雷书》《归正议》等等，对了，还有一部蔡京负责刊印颁行的《玉婴神变经》，全称是《高上玉清神霄真王说太一保胎婴神变妙经》，这是一部佛道兼融的经书，讲了宇宙生成观和内丹功法等很多内容。
林灵素自己还创作了很多经书，如《神霄金火天丁大法》《金火天丁神霄三气火铃歌》《金火天丁凤气紫书》《金火天丁玉神解关云篆》《金火天丁摄召仪》《金火天丁阳芒炼度仪》《金火天丁召孤仪》《正一牛神灵官火犀大仙考召秘法》等。北宋末年的《高上神霄宗师受经式》中记载了神霄派有七十余部道书，范围包括经、斋醮、科仪、符箓等，而且自称还有秘而未传的宝经一千二百卷。神霄派用的最多的一部经书是《玉清神霄秘箓》，被神霄派道士们视若至宝，每次讲授的时候，“会者八百”，盛况空前。从这些经书上看，也基本上满足了一个教派的所需了。
在神仙体系方面，林灵素设计得也非常不错。玉帝或称天帝、上帝是最高神，加上他的八个儿子，当然了，徽宗是老大，这个是林灵素最成功设定，他们分别管理九霄，一人一霄正好。据《高上神霄玉清真王紫书大法》记载，八子及八霄如下：
长子神霄玉清王，掌神霄玉清天；
次子青华大帝君，掌青霄好音元真宝耀天；
三子蓬莱灵海帝君，掌碧霄开虚传度天；
四子西元大帝君，掌景霄至妙变空天；
五子东井大帝君，掌玉霄天；
六子清都大帝君，掌琅霄六开传济天；
七子清霄大帝君，掌紫霄双开化身天；
八子中皇大帝君，掌太霄流光变景天。
当然，这父子九位是九霄的大老板，不，应该是领导神，下面还有一系列手下，比如负责雷、生死、福祸等业务的神霄九师等等，林灵素同样想得周到，一一作了设定。