下面简单聊一聊全真教的教义、功法等方面的内容。
王重阳给全真教的定位非常明确，“忠君”加“修炼心性”，在这一基础上改造传统道教而来的全真教，“内修真功，外修真行”。首先得适应这个乱世，能够存在、生存下去，才谈得上修行，所以全真道士在精神上安抚历尽苦难的百姓，得到统治阶级的扶植，在内修炼真灵，追求仙道。
内修方面，全真教不同于传统道教的修炼，虽然也讲究性命双修，但却反对由外丹入手而肉身成仙的理论，而是对钟吕内丹思想加以继承和发展，并且更加注重追求精神上的超越，更多的是从元神、真灵的修炼上下功夫，说白了就是灵魄成仙，这就是“全真而仙”。
外修方面，受宋代理学思想影响，特别是那个着名的“存天理，灭人欲”理论，全真道士对自己提出了极为严格的要求，苦已利人，不仅出家清修，而且清规戒律之严也创了新高。按照王重阳的观点，舍不得肉身的享受，哪能心无旁骛地修炼元神？另外，利人则涉及了儒家的封建伦理道德思想，道士同样是生活在现实社会中的，这一点是不可能回避的，所以这同样被视为全真而仙的基本条件。
马钰接掌祖庭以后，修道思想是以清净为核心的，清净的境界就是体悟无为、自性的结果，是他认为能够最终成仙证道之路，也是他在哲学范畴所能达到的最高层次。在三教合一方面，马钰赞同和吸收儒家的伦理观，但是否定他们的伦理思想，因为这是对精神修炼的束缚。佛教方面，他主要是吸收和借鉴了禅宗的思想，尤其是认同道、佛的空无本源之说。马钰的内修功法中，有很多与南派惠能的摄心法相同，可惜，一心参悟，澄心荡念，无为大道却未走远，刚逾花甲便驾鹤西归了。
马钰留下了数百首诗词，水平也是极高的，这里引用一篇他羽化前几个月时写的一首词，可以体悟一些这位道门高人的境界。这首词名为《琴操?归山操并序》，至今在马钰老家烟台牟平区范园里仍有这块石碑，字迹宛然。实际上，马钰早就有感于自己即将归去，在与僧、儒老友聚会时，请了一位王道士鼓琴，因琴声清越悠长，如出尘天籁，大家难得沉醉其中，更是吸引来四乡居民。琴声渐消，马钰心有所感，便提笔写下这首词及序：
钰与云水僧竺律师、殿试范寿卿相会于郡城之北三教堂，因焚香宴坐，命郦州道士王大师鼓琴久之，亦一时之胜会。日昊则有乡人云集，由此作琴操，盖钰有归真之意也。丹阳马钰。
能无为兮无不为，能无知兮无不知。
知此道兮谁不为，为此道兮谁复知。
风萧萧兮木叶飞，声嗷嗷兮雁南归。
嗟人世兮日月催，老欲死兮犹贪痴。
伤人世兮魂欲飞，嗟人世兮心欲摧。
难可了兮人间非，指青山兮当早归。
青山夜兮明月飞，青山晓兮明月归。
饥餐霞兮渴饮溪，与世隔兮人不知。
无乎知兮无乎为，此心灭兮那复疑。
天庭忽有双华飞，登三宫兮游紫薇。