当这套公认最好的道藏刊印出来以后，是不是就可以摆个庆功宴，庆祝一下中国道教经籍的搜集整理保护工作圆满完成了呢？或者说这套公认最好的一版的道藏真的令圈内圈外的各界人士满意了吗？很遗憾，答案是否定的。中国道教典籍的整理工作还没有，而且是远远没有完成，离着松一口气的时候还有很长的路要走。
原因很多，但细想又很简单，总结起来主要有两个问题：一是收录的不全，二是内容芜杂，或者说是质量参差不齐。
先说不全的问题，事实上明代的这两套道藏收录的经书还远远谈不上全，不但还有大量没有收录的古道经，万历年以后的新出现的道书肯定就没有被收录进去吧？
造成这一问题的最主要的原因是明代对道经的收集远没有完成，其中有老版道藏的毁损过于严重有关。明代的这两部道藏都是在《玄都道藏》残本的基础上，收集了一部分元、明时期的道经后重新整理的，这就难免有大量的古道书没有补充进去。实际上这一问题早在康熙年间就有一位叫彭定球的人注意到了。
彭定求此人不再详细讲了，康熙十五年中了状元，正好也是清朝的第十五位状元，才华可以说是极高的，有兴趣的道友可以搜一下。彭定求此人曾经皈依过道教，因此对道教典籍、历史还是比较熟悉的。在他出任专门为康熙皇帝讲经论史的侍讲一职，道教的典籍自然也在选择的范围之内。那时彭定求从道藏所收录的道书里精选细选适合的道经时，发现有些道经在道藏里面找不到，于是便开始注意并且收集工作，不过他主要是对万历年以后的新道书进行了整理，并且专门弄出了一套《道藏辑要》。他的这套书共收集了110种道书，按照二十八宿来编目的，所以共分成二十八集，二百余册，这可以算是对明道藏的一次较全面的补充。
此后，清代又有几次道藏的增补工作，比如嘉庆年间的蒋元庭进行过增补，光绪三十二年（1906年）阎永和在成都二仙庵组织了道藏的重印工作。阎永和在重印道藏的时候，同时又对《道藏辑要》进行了增补，加入了一部分清代新出现的道书并且刻印，这就是《道藏辑要续编》。
《道藏辑要续编》新增加的道书选择同样有些问题，没有精选、校订，所以有些道经也有芜杂的问题，但对于道藏的补充的贡献是值得肯定的。
现在通行的《道藏辑要》就是当时的二仙庵版本，刻板一直保存在庵里的印制房里。1961年时这些珍贵的刻板被搬到了青羊宫，至今一直保存完好。几年前曾经有幸去青阳宫一游，也抱着一窥这些刻板的奢望，可惜缘分未到，来去匆匆。
有学者系统地研究过，明清时期被《正统道藏》《续道蔵》收录的，以及被了《道藏辑要》收录的新道书，比较重要的有下面这些：
明代张宇初的《元始无量度人上品妙经通义》《道门十规》《三十代天师虚靖真君语录》；明代张君宝（就是张三丰）的《三丰真人玄谭全集》《三丰丹诀》《张三丰先生全集》；明代陆西星（后面要专门讲）的《方壶外史》《道言五种》；明代伍守阳（后面要专门讲）的《天仙正理》《伍真人丹道九篇》《金丹要诀》《仙佛合宗语录》。明代还有高濂、彭好古、朱权、洪应明等一些道士的道书，不再一一列举。
清代主要有刘一明（后面可能会专门讲）的《黄帝阴符经注》《黄庭经解》《悟真篇直指》《百字碑注》等；王常月（后面重点要讲）的《初真戒律》；朱元育的《悟真篇阐幽》《参同契阐幽》。其他还有诸如朱珪校、王守上、李光地、纪大奎、蒋国祚等人，也作了很多道书。
此外多说几句，这时说的朱元育就是朱云阳，他注的《参同契阐幽》是被现代国学大师南怀瑾极为推崇的，认为是众多注解《参同契》的作品中最为准确的一书。南怀瑾的《我说参同契》一书，基本上也是参照此书而成的。另外，南怀瑾在这部书以及他的很多着作里，对中国近代的一些文人做学问的态度表示很失望，认为我国近一两百年内的作品质量堪忧，当然现今天下文章一大抄的现象就连让人吐槽的心情都提不起来。这位朱真人后面是否会单独讲一讲也要看情况了。
除了上面讲到的这些未被收入道藏的经书以外，光绪二十五年（1899年），敦煌鸣沙山莫高窟第十七号窟藏经洞中发现的大量写本藏书中，其中就有约500卷是道教经书。道友们都应该知道那段历史，这些文物当时被多被洗劫去了英国不列颠博物院和法国国家图书馆了，里面就有大量的珍本是明道藏里没有的，其中就包括着名的《老子道德经想尔注》《老子化胡经》等。
1973年，在长沙马王堆三号西汉墓中出土了大批帛书，其中有早已失传的西汉初年的《经法》《十大经》《称》《道原》等道经，这些同样需要补充进道藏。
此外，从仅剩了3.48%的圆明园劫余的《永乐大典》中，学者们发现里面也有不少没有被收入道藏的道书，比如《洞玄灵宝灭度五炼生尸经》《大帝制魂伐尸法》《灵宝钏罄威仪经》《灵宝三元威仪经》等。这还是从仅仅残余的这点《永乐大典》里面发现的，如果把完本的《永乐大典》找遍了，不定会发现还有多少道经呢。