入手的功夫完成以后，就到了正式修炼阶段，李西月把它分成了先天和后天两大阶段，其中涉及了一系列比较重要的概念，如先天、后天以及结丹、还丹等。这两对概念，实际上包括了整个内丹修炼的过程，李西月总结得非常透彻，讲得也非常详细，对于内丹学来说可谓是贡献大大滴，下面就展开讲一讲。
在《涵虚密旨》中，李西月首先把道分为了后天和先天两大层次，二者是以筑基为界，因为筑基以后实际上就完成了后天转先天的过程，此时的肉身已经达到了初生胎儿的层次，这些和前面讲到过的内容一致。结丹和还丹，同样可以和前面讲过的一些概念对应上，按李西月的说法，结丹就是玉液还丹，还丹就是金液还丹。
在后天和先天的划分基础上，李西月的丹法又进一步细分为三乘，每一乘的功法有高低级之别，决定了将来成仙的档次是不同的。
初乘：即结丹，专业点说就是去癸取壬，以玉液培养而成丹，又称玉液还丹，是后天中返先天的尽性上的功夫，修圆满后就可以成就人仙。
上乘：即还丹，也称七返还丹，用后天返先天时种出先天来，这就是立丹母的过程，也是立命的功夫，圆满后成就的是地仙。
大乘：即九转大还丹，是寻先天中的先天为药，以火炼化成白液，吞归腹内凝成至坚金丹，这就是金液还丹的过程，就是性命双修，成就天仙的无上功夫。
下面再稍稍展开一些。
首先是结丹，用李西月的话就是“我家种”，是在先天鼎中同类阴阳相合，或者说铅汞相拘，所成就是戊土，也就是外铅，显然李西月的结丹讲的是后天功夫。
《道窍谈》中把结丹分成了后天和后天中之先天两层，后来又分成了九层，后面会讲到。
第一层后天就是开关展窍，打通河车之路，所以这一层就是完成了开关和筑基。这里需要说明，张三丰也到过开关展窍，但是他的开关展窍属于小三候中的中候功夫，当然也是在筑基前完成的。而孙教鸾同样讲过开关展窍，但是他必须要用鼎器，实际上就是需要男女阴阳双修。
第二层后天中之先天，就是凝视调息，静候动机，然后运转河车采药炼药，封入黄庭，这就是玉液炼己，所以这一层得药炼己后，最终完成结丹。
筑基就是养己，功夫是在情境上，是炼己的基础，炼己就是忘情、了性，所以说性是天命，命要尽性，再往下说又是老一套的性命关系了。而李西月对孟子的很多观点非常赞同，结合理学的思想发展了逆修的理论以及性命学说。
同时，他对大家总挂在嘴边的佛修性、仙修命，儒家治世的说法表示非常不赞同，原因是这些人没有真正了解三教，也可以说只是肤浅的认识。因为佛教重性功?是欲人从性而立命；仙重命功?是欲人即命而了性；儒家以“担荷世法为切”，?亦不离“性命双修”。即是说?无论三家的偏重点有何不同，性命双修的根本是一致的。
“行深般若，?五蕴皆空，?丹熟大还，?十年面壁，?六十耳顺，?七十从心，?夫而后性命双了，?同登空超之境，?而仙、佛、圣皆成也。”所以说三教实际上都是从心性上下了大功夫，修到极致就会发现殊途同归罢了。只不过入手点不同，学了三脚猫的功夫以后，自以为什么都懂了，便相互各种不服，殊不知，在大能面前就像三岁顽童一般，用李西月的话说就是：“不思其本，而谈其末”。
其次是还丹，李西月称为“他家来”，和结丹的“我家种”相应，这显然就是先天功夫了。不过李西月的还丹研究起来比较有难度，这个别人家是清静派的性命双修，还是阴阳派的男女双修，还是身外太虚等等，理解不同，得到的结论就不同了。
《道窍谈》把先天分为先天和先天中之先天两层。
接着上面后天的两层功夫排下来，先天是第三层，这一层是完成了清静功夫，把女鼎处得来的先天之气入室炼成外药，也称外丹。
第四层先天中之先天，因为此时铅中产阳，采的是真阳，炼的是己身的精气，所以称为还丹。此时就是慢慢温养，小心培育，最终炼成金液吞归入五内，结成圣胎，所以又叫金液还丹。
金液还丹以后，结的圣胎又叫胎婴，可以理解为修真小说里的元婴，这是纯阳的，也可以叫阳丹。