叶、刘二人的谈话，朱由校自然不能得知，他此刻正兴致盎然地跟着高攀龙参观东林书院。
东林书院并不是明朝时才修建的，它最早是北宋时期“二程”的高足杨时发起修建的，当时是杨时讲学之地，之后逐渐荒废。到了明万历年间，革职为民的顾宪成回到无锡后，同弟弟顾允成倡议维修东林书院，之后偕高攀龙等讲学其中。
到了万历三十二年（1604年）十月，顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才等八人（即东林八君子），发起东林大会，制定《东林会约仪式》，至此东林书院正式成立，随后吸引了大批文人参与，由此在朝中逐渐形成了“东林党”这一派系。
东林书院整体参照官学“左庙右学”的形制，主体建筑曰依庸堂，是举办会讲之地，两侧楹联为顾宪成亲笔所题：“风声雨声读书声，声声入耳；国事家事天下事，事事关心。”
朱由校看着这幅对联，心中说不出什么感觉，顾宪成这个人初衷可能是好的，但他却打开了党争的魔盒，直到明朝灭亡也没能解决党争问题。
参观过依庸堂，高攀龙又带着朱由校来到燕居庙和道南祠，先后祭拜了孔子和杨时。
道南祠在书院的地位很高，根据顾宪成亲自审定的《东林会约仪式》规定：凡举行会讲，在开讲前所有人身着礼服，首先要向孔子圣像行四拜礼，随后至道南祠，亦向杨时行四拜礼，然后才入讲堂讲学。
道南祠享堂内正中悬匾 曰：“伊洛正宗”，两侧悬联曰：“载道而南揭理一分殊之旨十八年春风化雨，奉神以祀萃仁至义尽之儒两三朝威凤祥麟。”
朱由校虽然古文水平一般，但也能从中看出东林党人对程朱理学的推崇，以及对杨时传播理学思想功绩的赞扬。
提起理学，朱由校突然想到了什么，向高攀龙请教道：“景逸先生，小子斗胆请教，何谓‘理’？”
高攀龙一怔，没想到朱由校年纪轻轻胆子倒是不小，直接跟自己讨教，他也来了兴致，回道：“理者，宇宙万物之本原，在大化上说谓之天，在人身上说谓之性，性即人之本性也。”
朱由校还能听懂，继续问道：“人性有善恶，宇宙有善恶乎？”
“性即理，理即善。”
“小子以为理无善亦无恶，万事万物皆依理而行，理不偏不倚。不过小子把这个理称之为‘物理’，而非天理。”
“嗯？！”高攀龙有些吃惊，“你是阳明学派之人？”
朱由校摇摇头：“非也，小子不过喜欢杂学而已，并不是阳明先生的信徒。”
“哦！”高攀龙稍稍安心，他还以为朱由校来“踢馆”呢，“人性之恶，乃迷失本我所致，本我即本性，本性即理，善也！”
“先生所言甚是，世间纷扰人容易迷失，确实需要教化才能回归正途，这也是圣人能成为圣人的原因，然而小子却以为这与本我并无关系，谁也无法说一个人生下来就有善恶，人分善恶与后天受到的教育和环境密不可分，与善为善，与恶为恶，因而才有‘近朱者赤近墨者黑’之说。”
说实话，朱由校的学术水平在高攀龙看来很低，但他却对朱由校另类的想法有些兴趣，于是问道：“那你认为圣人教诲不是为了找回本性？”
朱由校没有回答，而是反问道：“小子斗胆，敢问先生何为善恶？”
“圣人之道为善，违之则为恶。”
“那小子再斗胆请问，昔日蒙古横扫万里，一路烧杀劫掠，此等行为在他们部民看来，此是善是恶？”
“此违背圣人之道，自然是恶政！”
“那后来蒙古入主中原，依旧我行我素，汉人士子却为其卖命，此等行为是善是恶？”
高攀龙很想回答一句“此为行圣人之道教化蛮夷，善也！”但他却说不出口，原因无他，他从内心里是鄙视这种行为的。
见高攀龙默不作声，朱由校微笑道：“先生是不是想说此是行圣人教化之道，是善政？”
高攀龙略显吃惊地看了一眼朱由校，问道：“你觉得呢？”