天启二年四月到六月，《大明月刊》连着发行了二十余期号外，内容绘声绘色写的跟话本一样，不是有基层官员和农民“吐槽”缺少指导农事的官员以致误了农时，就是一堆国内外商人“哭诉”市舶司推诿扯皮，致使损失大批货物。
这种事本身就是真实存在的，故而迅速在全国各地引发激烈讨论，不少感同身受者甚至嚷嚷着要写万民书呈奏天子。
七月初一，以顾秉谦和崔呈秀等为首的帝党成员集体上疏，请求改市舶司为海关总署，在广州和漳州二地设立分署，统一关税。
此举一出，立即引起了包括但不限于东林党成员的强烈反对。
有明一代，收商税就是个老大难，万历皇帝因为派矿监收税，不知挨了多少骂，如今朱由校想学万历，自然是要挨骂的。
当然，反对者不敢直接骂朱由校，就指桑骂槐说顾秉谦等人是奸佞小人，要求将几人革职为民，永不录用。
但很快一大波地方官员上疏表示支持成立海关总署，这一下打的反对派措手不及。
见此情形，朱由校适时出来表态：“设立海关总署不仅是为了方便商贾出海经商，同时也是为了方便朝廷收取关税充实国库，海关收的关税，朕一分也不会挪用，朕会发道圣旨，让天下臣民一同监督。”
对于这种话，反对者不少持怀疑态度，但嘴上又不能说，说出来就是大罪一条，轻者降职，重则法办，怎么办？大家只能认栽，总不能说他们家亲戚的船队不想缴税，所以反对设立海关总署吧。
如此一来，绝大部分人最后只能默许了改市舶司为海关总署，反正就是换个名头，以前该怎样，以后想必也差不到哪去。
不过他们这个想法很快就破灭了，三天后朱由校抛出了一本《关税条例草稿》，前世他曾有位同学在进出口公司工作，对于关税他也算懂得一些皮毛，因此这本《条例》也不算是闭门造车之作，其主要内容是对海关的职责、进出口货物的关税税率以及对逃税漏税者的处罚做了规定。
按照《条例》规定，进出口货物将按照单式税则进行征税，考虑到此时中国超高的贸易顺差，出口货物税率要高于进口货物税率。
这也是朱由校的无奈之举，现在与后世不同，没有那么多人跪舔洋货，想要征收关税，只好先拿自己人开刀，反正现在的中国货在国外也没竞争对手，不怕没市场。
进出口货物一同征税在大臣们看来倒是没什么问题，问题是朱由校制定的税率，进口货物最低2%，最高30%；出口货物最低4%，最高40%，这简直要人命，出海贸易风险那么大，还没卖出去货物，先征这么多税，这谁还愿意出海做生意了！
明代早期关税实行抽分制，市舶司抽取两成实物抵税，到了隆庆开关以后，关税主要分为四个部分，分别是引税、船税、价税和额外税。
咱们重点说说这个额外税，由于自给自足的经济环境，大明很少进口货物，这就导致许多商船返回大明时只装了一些白银，没有货物便没法征税，于是便有了这个额外税，按船征收，每条船征银一百二十两。
朱由校制定的最高税率不仅高于实物税，也高于现行关税，自然是收获反对声一片，你设立海关总署就忍了，还想收这么高的关税，做梦去吧，老子就是官不当了，也不能同意！
一连争吵了十几天，最终双方妥协，出口税率降到最低2%，最高25%，进口关税税率不变，但对只运白银回国的船继续征收额外税，税银每条船一百五十两。
虽然出口关税税率被砍了近一半，但朱由校也非常满意了，他本也没指望自己定的税率能通过，之所以定那么高，完全是为了跟这帮人讨价还价。