对于朱纯臣和安邦彦的图谋，朱由校一点防备都没有，此时他还在跟官员们斗智斗勇。
南直隶十六府四州（调整后数量）现如今不到一半还有主官，若不是朱由校担心再抓下去会出乱子，恐怕很多府州都要处于无政府状态了。
不仅仅是南直隶，其他布政司也开始有官员被抓，有些不干净的官员由于担心被抓，竟然选择自杀，整个大明官场陷入了大地震。
如此情形，在京的大臣们坐不住了，一些还在回避的官员也不管回避不回避了，纷纷上疏要求朱由校停止“胡闹”，这其中尤以东林党成员言辞最为激烈，他们这一次可谓损失惨重，只一个南直隶，就有三十多名东林党官员被抓。
朱由校可不管这些，他让施凤来领导的报社和宋献策领导的“复兴社”在全国各地大造舆论声势，把那些被抓官员批烂、批臭。
不得不说，控制了舆论就是不一样，一开始还有不少官员替那些被抓官员说话，但随着那些被抓官员的各种黑料被曝光，百姓们无不纷纷叫好，这下谁也不敢出声了，没人想被家乡父老戳脊梁骨。
然而文官集团又怎会轻易罢休，他们迅速调整方向，放弃了那些棋子，开始抱团与朱由校对抗起来，准备让朱由校的新政执行不下去。
朱由校知道这一场较量绝不能服软，如果他服软，接下来什么新政都别想实行了！
朱由校决定“大开杀戒”！
四月十一，内阁首辅刘一燝被迫致仕，老好人何宗彦晋升首辅，袁可立跻身次辅，韩爌屈居第三，第四顾秉谦。
同日，郭允厚以礼部尚书、东阁大学士的身份正式入阁，由此，帝党控制了内阁。
时隔两天，朱由校又下诏孙传庭巡按淮、扬；朱童蒙巡按江西；霍维华巡按河南，这三地正是反对丁税上缴最激烈的三地，朱由校派出三名帝党成员，也是为了震慑当地官员。
四月十五，朱由校再次下诏，设立内务部，凡优抚救济、户政、行政区划、民工动员等工作全部划归内务部，第一任内务部尚书由洪承畴出任，下设六司。
内务部的设立把传统六部的权力剥离了很多，尤其是户部损失最为严重，户部尚书张经世自然是要上疏抗议，朱由校也不客气，直接改户部为财政部，限定其职责为赋税征收、国库仓场管理，以及编制财政预算。
张经世这一折腾，把铸币权也跟搞丢了，老张气的差点吐血，直接上疏致仕。
朱由校“从善如流”，批准了张经世致仕，改由毕自严出任财政部尚书，毕自严自“天津刺杀案”之后就成了朱由校的“马仔”，他又怎么会反对朱由校呢。
朱由校也退了一步，又把铸币权还给了财政部，他倒是想不还，可惜现在成立中央银行的条件还不具备，货币发行的事还只能由原来户部那帮人来做。
搞定了户部，朱由校再次下诏，宣布成立皇家陆军军官学校和皇家海军军官学校，毕业学员赐武举同等功名，同时罢武举，凡现役将士和有志青年均可报名。
军官学校的事，朱由校自打泰西学院成立就开始了筹划，先是偷摸挂了一个武备学堂，如今武备学堂第一批速成班毕业生顺利毕业，该摸索的也摸索了一遍，军官学校的成立水到渠成。
自土木堡之变后，明朝皇帝就很难掌握兵权，明武宗朱厚照死的不明不白，后世很多人怀疑跟他想夺回兵权有关。虽然朱由校对此半信半疑，但他还是很谨慎的，三年时间，一点点淘汰京营，又在新军安插心腹，如今终于有了一支可以掌控的军队。
新军目前是六镇七万多人，人数并不多，甚至不如宣大总督掌控的兵力，这也是文官集团还能容忍朱由校的原因，如今朱由校突然要搞什么军官学校，这下可就捅了马蜂窝了。
武备学堂的事朝中大臣也不是不知道，那里面培养出来的可都是“忠君爱国的榜样”，如今朱由校罢武举搞学校，摆明了就是要把武备学堂那一套扩大到全国军队之中，这还得了！
文官集团就是靠掌控兵权，才能左右朝政，没了兵权，跟待宰的羔羊什么两样？！为何朱元璋时期杀的人头滚滚都没人敢吱声，是朱元璋威望高？那是扯淡，在文人眼中，朱元璋不过一个农村来的臭要饭的，有个屁的威望，他们畏惧的不是朱元璋的威望，畏惧的是朱元璋手下的淮西将军们。
除了底层老百姓，大明朝没几个人想回到朱元璋时代，你朱由校想做朱元璋，那对不起，别怪我们心狠！
铺天盖地的反对奏疏送到了司礼监，上疏的不仅有文官，还有勋贵、武将，这就很露骨了，相当于赤裸裸地威胁。