孙思邈一路云游，途经侠客岛之外，见到有巨鲸跃出海面，伴随着浪花撒下，有一少年随波漂流，本着医者仁心，孙思邈将少年救下，少年醒后对面前的陌生人也是十分警惕，交谈后得知面前道人是云游八荒的妙应真人，于是纳头便拜，求孙思邈教他医术，孙思邈当时没有答应，只是同少年说可以一路跟随他。
过了些时日，二人途经一处村落，这村落中行人普遍面色苍白，走路虚浮无力，更有甚者直接倒在门口，或跌坐于树下。
少年说自己自幼便四处求学，可也第一次遇见这种症状，而孙思邈则是为几人把脉之后，结合面色和家中吃食，便有了推断，当即让少年去抓鱼。
少年不解，却也照做，村落旁便有一条河，听人们说这河是直通江的，少年用草药驱赶着河鱼，很快便捉住了好几尾大鱼，用树藤串着背了回来。
孙思邈将鱼开膛，却没有去除所有内脏，只将鱼肠等秽物去了，接着取来大锅，炖了一大锅的鱼汤，喊来村子里的人分而食之。
不一会这些村民便恢复了些许气力，虽然谈不上健康，但也不至于向以前东歪西倒。
村民连声道谢，孙思邈却拉着少年说，这是气血双虚，又指了指这些村民家里的厨房，说是这些村民伙食太过单一所导致的，然后又挨家挨户嘱咐村民日后可以多吃河鱼，也可种些果树，便很难再遇到这类疾病了。
诸多村民感恩戴德，要留二人过夜，盛情难却之下，二人也只好叨扰了。
二人秉烛夜谈，少年感叹孙思邈在医学上的造诣和博才多闻的见识，而孙思邈也逐渐了解了面前这个少年。
少年是个苦命的孩子，自幼家境不错，可惜遭逢横祸，一家人尽皆遭了瘟疫，家中最后几位染病未死之时，嘱托少年远离家门，莫要回来了，至此，偌大一个家族，只剩了少年一人。
少年忘不了家中惨剧，便四处游学，钻研医术，更是立志医尽天下之病，救天下之人。
可他却越学越觉得世路难行，世人难医。因为自己能治的病不少，可是还是医不完天下人。少年想如果人人都能学会医术，就可以做到人人自医。可少年错了，世人多愁苦，忙于生计，碌于温饱，而少年因出身家境较好，才有机会读书识字，少年也以为很多平民百姓都像他一样饱读诗书，实际上很多平民目不识丁，难有学医基础，所以传授医术面临困境。
孙思邈则是告诉他，当下不能人人都会医术，但未必以后不能。十年不行就是一百年，一百年不行就是一千年，总有一天老百姓不会为疾病所苦。
也是至此，孙思邈有了整理天下医籍，以传承后世的想法。
而少年则随着孙思邈一起，来到了这空谷静幽之地，万花齐放之所。
由少年外出寻名师药方，搜集疑难杂症，而孙思邈则坐镇谷中，一方面为前来寻医问药者提供医治，二来也是有个固定落脚的地方供他注经释医。
久而久之，药王谷的名气越来越大，而少年也顺势提起拜师之事，这次孙思邈并没有再拒绝，少年的心性和努力他看在眼里，他也很乐意有生之年能有一弟子愿意继承他的衣钵。
可拜师礼上，少年却坚持不再使用以前的名字，孙思邈见少年不愿，便赐姓裴姓，正为字思虑时，余半仙站出来补了一个元字。