当985年曼苏尔·伊本洗劫巴塞罗那之后，穆斯lin对于用武力重新控制半岛产生浓厚的兴趣。他的儿子其后又袭击许多基督教城市。但是当他的儿子死去之后，哈里发国陷入内战，并分裂为多个“泰法王国”（taifa Kingdoms）。诸泰法国的国王不仅在战争中相互竞争，而且还在艺术保护方面相互较劲，因此这个时期的艺术得到短暂的繁荣。这个时期，泰法王国失去原先占领的北方基督教王国的领土，在1085年失去托莱多之后，这些穆斯lin统治者们只好不情愿的请求穆拉比特王朝的援助，后者则从北非侵入阿尔-安达卢斯并建立一个帝国。至1147年，这个帝国被阿尔摩哈德王朝的入侵者推翻，而这些阿尔摩哈德王朝的后继者们后来又在1212年的托洛萨的那瓦斯战役中被基督徒决定性的击败。
中世纪的西班牙持续着穆斯lin和基督教徒间的战争。1147年继承穆拉比特王朝马格里布地区和安达卢西亚地区的阿尔摩哈德王朝信仰更为坚定的伊斯兰原教旨主义，对待齐米（穆斯lin治下的异教徒）极为苛刻。面对死亡、改宗和移民的选择，许多犹太人和基督徒选择离开。至13世纪中期，格拉纳达王国成为西班牙唯一一个保持独立的伊斯兰国，这个政权一直延续到1492年。
收复失地运动的结果，使伊比利亚半岛形成众多基督教王国，为首的是卡斯蒂利亚王国、阿拉贡王国、纳瓦尔王国、葡萄牙王国。除上述四国外，还有卡斯蒂利亚国王兼任君主的雷昂王国、加里西亚王国、托莱多王国、穆尔西亚王国、科尔多瓦王国、哈恩王国、塞维利亚王国、格拉纳达王国、阿斯图里亚斯亲王国、阿拉瓦侯国、比斯开庄园、莫利纳庄园（以上诸国与卡斯蒂利亚王国形成卡斯蒂利亚王冠）；阿拉贡国王兼任君主的巴塞罗那伯国、瓦伦西亚王国、马略卡王国（以上诸国与阿拉贡王国形成阿拉贡王冠）。
加泰罗尼亚骑士团——被认为是西欧第一支雇佣兵军队，占领雅典公国，并在阿拉贡王国的庇护下统治到1379年。
西班牙王国时期
随着收复失地运动的持续进行，基督教诸王国和侯国的势力得到不断增强。至15世纪，卡斯蒂利亚王权（领有伊比利亚半岛的西北部和中部地区）和阿拉贡王权（领有半岛东北部地区）成为其中最强大的势力。两个国王与葡萄牙、法国和其他邻近国家的统治者展开政治联姻。1474年恩里克四世去世，引发一场争夺王位继承权的斗争。其中包括葡萄牙和法国所支持的霍安娜·贝尔特兰内哈（Joanna La beltraneja）以及阿拉贡王冠和卡斯蒂利亚王冠诸国贵族所支持的伊莎贝拉一世。在卡斯蒂利亚王位继承战争之后，伊莎贝拉获取王位，并与其丈夫——阿拉贡的斐迪南二世实行共治。两人的联姻使两人得以共同统治绝大部分西班牙领土，斐迪南于1512年成为纳瓦尔国王后，成为西班牙全境唯一的君主（卡斯蒂利亚女王胡安娜被他囚禁，无实权），从而使西班牙全境政治达成统一，然而在1833年之前，西班牙境内的众多基督教王国，并未正式形成为单一且集权的西班牙王国。
伊莎贝拉和斐迪南被称为“天主教的君主”，该头衔由教皇亚历山大六世授予。他们于1469年在巴利亚多利德结婚，令伊比利亚半岛上除了葡萄牙与纳瓦尔之外的王位，皆由这对夫妻持有，从而实现政治统一。他们见证收复失地运动的最后一个阶段——从摩尔人手里夺回格拉纳达；他们征服加纳利群岛；在国内他们发布阿兰布拉诏书从而将犹太人和穆斯lin驱逐出西班牙。他们支持克里斯托弗·哥伦布的探险——后者成为自莱夫·埃里克松之后第一个到达新大陆的欧洲人——这为西班牙带来大量的财富，从而为西班牙诸国在接下来的两个世纪里成为欧洲的主导力量提供资金支持。
伊莎贝拉通过其5个孩子的战略性联姻保证西班牙诸国长期的政治稳定。她的第一个孩子——大女儿伊莎贝拉公主嫁给葡萄牙王储阿方索，以寻求和该邻国的密切联系，但是伊莎贝拉公主不久就因难产而死。伊莎贝拉的次女胡安娜嫁给神圣罗马帝国皇帝马克西米连一世之子、波西米亚国王美男子菲利普并获得神圣罗马帝国王位的继承权。这次联姻确保和强大的神圣罗马帝国的联姻，从而保证西班牙未来政治的安全。伊莎贝拉的独子——阿斯图里亚斯王储胡安则娶奥地利的玛格丽特，从而维持和西班牙诸国所倚重的哈布斯堡皇朝的联系。她的第四个孩子——阿拉贡和卡斯蒂利亚的玛利亚则嫁给葡萄牙的曼努埃尔一世，进一步巩固通过其姐姐的婚姻建立起来的双方联系。她的第五个孩子——阿拉贡的凯瑟琳则嫁给英格兰国王亨利八世，生有一女玛丽一世。
直至13世纪，阿拉贡和卡斯蒂利亚对宗教少数派（犹太人和穆斯lin）保持宗教宽容。但是在14世纪犹太人的境遇直转急下，迫害在1391年的大规模屠杀——当时除了阿维拉，其他主要城市都发生屠杀——中达到高潮。在接下来的一个世纪里，总数为20万人的西班牙犹太人中有一半都改宗信基督教（成为“改宗者”）。迫害的最后一个阶段由两位“基督教君主”施行，他们在1492年发布诏令，命令剩余的犹太人改宗，否则将被驱逐出西班牙诸国。根据不同的信息来源，被驱逐的犹太人的数量可能从4万到12万不等。在接下来的几十年里，穆斯lin也遭受到相同的命运——被迫改宗（改宗者被称为“摩里斯科人”）或被驱逐。犹太人和穆斯lin并非这个时期唯一遭受迫害的人群。吉普赛人也面临着悲惨的命运：所有年龄在18-26岁之间的吉普赛男性都必须在桨战船上服役——这相当于判他们死刑，但是其中的大部分都成功的躲藏起来并逃避追捕。
西班牙语和大学
在13世纪，西班牙诸国的基督教地区存在多种语言，包括卡斯蒂利亚语、加泰罗尼亚语、巴斯克语、加里西亚语、阿兰尼斯语和莱昂尼斯语。但是一个世纪之后，卡斯蒂利亚语（即现今的西班牙语）成为卡斯蒂利亚王国内最重要的文化和交流工具。在卡斯蒂利亚费尔南多三世统治的最后一年，官方文件开始使用卡斯蒂利亚语撰写；直到阿方索十世统治期间，卡斯蒂利亚语成为官方语言。从此之后卡斯蒂利亚所有的官方文件都使用卡斯蒂利亚语撰写，所有的外语文本也都由原来翻译为拉丁文本改成翻译为卡斯蒂利亚语文本。
13世纪，莱昂和卡斯蒂利亚建立许多大学，如萨拉曼卡大学和巴伦西亚大学都是欧洲最早建立的大学。在伊莎贝拉和斐迪南治下，萨拉曼卡大学教授安东尼奥·德·内夫里哈撰写的《卡斯蒂利亚语语法》的第一个版本在1492年出版。
西班牙帝国
西班牙帝国是近现代历史上第一个全球性帝国。它也是世界历史上规模最大的帝国之一。在16世纪，西班牙诸国和葡萄牙是欧洲进行环球探险、殖民扩张和开拓跨洋商路的急先锋。当时西班牙和美洲大陆之间的跨大西洋商路和途径菲律宾的东亚与墨西哥之间的跨太平洋商路十分繁荣。西班牙征服者摧毁阿兹特克文明、印加文明和实际上经已走到衰落尽头的玛雅文明，将北美洲和南美洲的广阔土地纳入自己的版图；又于1580年入侵葡萄牙王国，建立西葡帝国。西班牙帝国依靠其经验丰富的海军纵横大洋；依靠其着名的、可怕而训练有素的步兵——西班牙步兵大方阵在欧洲战场上占尽优势。正如着名法国历史学家皮埃尔·维拉（pierre Vilar）所说：“这是人类历史上正在上演的最特别的一幕史诗。”在16和17世纪，西班牙文化也正处于其黄金时代。
但是最初的美洲殖民地是令人沮丧的，尽管殖民对于贸易有刺激作用，当时的贸易规模仍然很小。随着殖民者来到新大陆的天花和麻疹等疾病使土着人口急剧减少，特别是在阿兹特克、玛雅和印加等文明的人口聚居区；而这又进一步削弱被征服地区的经济发展潜力。
在16世纪20年代，墨西哥的瓜纳华托发现银矿，开始大量产出白银，其后又在墨西哥的萨卡特卡斯和秘鲁的波托西发现银矿，美洲的白银输出急剧增加。运载白银的船队往返于大西洋两岸，重新带动西班牙的经济，使其得以进口奢侈品和谷物。白银输出同时也是西班牙哈布斯堡王朝维持其用于进行在欧洲和北非的一系列战争的军事力量的重要财政来源，虽然除了17世纪的少数年份，西班牙本土（特别是卡斯蒂利亚地区）的税收仍然是殖民帝国最重要的收入来源。尽管从17世纪40年代开始，西班牙诸国便经历着军事力量和经济实力的衰退，但是自1580年西班牙诸国和葡萄牙王国形成君合国（1640年重新分离）开始到19世纪其失去美洲殖民地，期间它都是世界上最大的殖民帝国。面对新的挑战以及殖民帝国建立过程中遇到的困难和灾难，西班牙的思想家们在自然法、国家主权、国家法、战争和经济等方面阐述最初的现代思想。在萨拉曼卡学派等的影响下，他们甚至对帝国主义的合法性提出质疑。
西班牙哈布斯堡王朝
西班牙诸国在哈布斯堡王室统治时期达到顶峰，随后又陷入衰退。身兼神圣罗马帝国的皇帝和西班牙诸国的国王查理五世（卡洛斯一世）治理下的西班牙诸国在欧洲的领土达到极限。
由于胡安王子和伊莎贝拉公主先后去世且都没有存活的后代，胡安娜和菲利普夫妇成为双王的继承人。1504年伊莎贝拉一世驾崩，胡安娜和菲利普继位，菲利普称费利佩一世。1506年费利佩一世驾崩，斐迪南成为卡斯蒂利亚摄政，1509年以胡安娜精神失常为由将其关在一家修道院里。1516年斐迪南驾崩，胡安娜继位为亚拉冈女王，胡安娜的长子查理也根据母权继位称共治国王卡洛斯一世，名义上与胡安娜共治，但胡安娜仍然被关在修道院里直到1555年驾崩。1519年，卡洛斯登基为神圣罗马帝国皇帝查理五世。从此西班牙诸国便越来越深地卷入欧洲的王朝斗争之中。
查理五世并不经常待在西班牙，而在其弥留之际，他将哈布斯堡的庞大遗产分为两部分：一部分是西班牙诸国及其在地中海和海外的财产，另一部分是神圣罗马帝国。此外，哈布斯堡在尼德兰的财产仍然归属于西班牙国王。
这次财产划分被证明是对于其继承者费利佩二世的巨大挑战，他在查理五世于1556年退位之后成为西班牙国王。西班牙诸国躲过肆虐于欧洲其他地区的宗教冲突，仍保有罗马天主教的信仰。费利佩二世把他自己当成对抗奥斯曼土耳其和异教徒的天主教斗士。在16世纪60年代，他试图加强对尼德兰的控制，但却导致该地区的动荡不安，并逐渐使加尔文教派掌握主导权，发动反叛运动和八十年战争。这使得西班牙的财政消耗殆尽。其后西班牙诸国又试图征服英格兰——后者是荷兰谨慎的支持者——这导致无敌舰队在英西战争（1585－1604）和法西战争（1590－1598）中的覆灭。
尽管存在着这些问题，但是自16世纪中期开始不断从美洲流入的白银、西班牙步兵的声名和很快地从无敌舰队的覆灭灾难中恢复过来的海军都使得西班牙仍旧保持在欧洲的主导地位。1580年西班牙诸国和葡萄牙王国合并组成伊比利亚联盟，这不仅使半岛得以统一，也将两个殖民帝国的全球资源都整合到哈布斯堡王朝之下。但是，卡斯蒂利亚的经济和行政问题以及本土经济的衰弱在接下来的一个世纪变得日渐明显：高涨的通货膨胀、将犹太人和摩尔人驱逐出西班牙的不良后果以及西班牙对黄金、白银日益增长的依赖性，导致政府的几次破产和由此而起的数次经济危机，这种情况在不堪重负的卡斯蒂利亚地区尤为严重。
西班牙沿海的村庄和巴利阿里群岛时常遭受来自北非的巴巴利海盗的攻击。福门特拉岛上的居民甚至短暂的撤离该岛。后来海盗的侵袭蔓延至西班牙其他沿海地区和意大利沿海地区，海盗从他们的北非巢穴出发只要横渡一片平静的海域很快就能到达这些地区。其中最着名的海盗是土耳其的巴巴罗萨（“红胡子”）。据罗伯特·戴维斯统计，16世纪至19世纪，约有100万到125万欧洲人被北非海盗捕获，并作为奴隶卖至北非和奥斯曼帝国等地。这种情况在西班牙和其他基督教势力开始抑制穆斯lin在地中海的海军力量并取得1571年勒潘多海战的胜利之后才有所缓解，但是海盗问题仍然在接下来的一个世纪里困扰着西班牙。
1596至1602年的塞尔维亚大瘟疫导致约60万－70万人的死亡，约占当时西班牙国内人口的10%。而17世纪的另一场大瘟疫更是导致约100万人死亡。
费利佩二世于1598年去世，其子费利佩三世继承王位。在其统治其间，他与荷兰签订十年停战协定，但是随后又卷入欧洲范围的三十年战争之中。这时的政府政策受到君主的个人喜好而左右。不过这个时期也出现如格雷考和塞万提斯这样的天才人物。
西班牙的费利佩四世于1621年继承王位。当时西班牙政府的政策大部分由大臣加斯帕尔·德·古兹曼·皮尔蒙特所主导。1640年，正当中欧的战事连绵不绝，除了法国其他国家都未占到丝毫便宜的时候，葡萄牙和加泰罗尼亚地区发生叛乱。为了国内的稳定，西班牙诸国放弃葡萄牙，但是在意大利和加泰罗尼亚大部分区域，法国势力都被驱逐出去，加泰罗尼亚的独立运动也被镇压下来。在费利佩的有智能障碍的儿子卡洛斯二世统治期间，西班牙诸国失去了其在欧洲的领导地位，而脱离了列强名单。
卡洛斯二世死后，哈布斯堡王朝在西班牙绝嗣，随之而来的是西班牙王位继承战争，各国都想染指西班牙王位。法国国王路易十四最终“赢得”这场战争，波旁王朝最终获得西班牙的控制权，但是作为妥协条件，法国与西班牙诸国及其欧洲领土不可合并。
黄金时代
西班牙的黄金时代是指西班牙诸国（包括现今的西班牙和拉丁美洲的西班牙语国家）艺术和文学繁荣的时期，这个时期正好是哈布斯堡王室统治的衰弱期（费利佩三世、费利佩四世和查理二世）。1695年新西班牙成立。
西班牙诸国和奥地利的哈布斯堡王室均是其国内主要的艺术赞助人。费利佩二世所修建的恢弘的皇家修道院——埃斯科里亚尔修道院当时吸引众多的欧洲伟大建筑师和画家。委拉斯开兹被认为是欧洲历史上影响最大的画家，在当时也极受推崇，他和费利佩四世及其首席大臣奥利瓦雷斯公爵保持着良好的关系，其存世的几幅画像展示其独特的风格与高超的技术。格雷考是这个时期定居于西班牙的广受推崇的希腊艺术家，他为西班牙艺术注入意大利文艺复兴的风格，并创造出一种独特的西班牙绘画风格。许多西班牙最伟大的音乐也被认为出自该时期。汤玛斯·路易斯·德·维多利亚、路易斯·米兰（Luis de milán）和阿隆索·洛博（Alonso Lobo）等作曲家的作品是文艺复兴音乐的重要组成部分，他们创造轮唱（Antiphon）和对位法等音乐技巧，其影响甚至远及巴洛克时期。
西班牙文学在这个时期也十分繁荣，其中最具代表性的是《堂吉诃德》的作者塞万提斯的作品。西班牙最为多产的剧作家是洛佩·德·维加，他一生中可能完成多达1000部的剧作，其中约有400多部留存至今。
西班牙波旁王朝
来自波旁家族的费利佩五世是西班牙波旁王朝的第一位国王，由于大部分的阿拉贡王冠诸国贵族于西班牙王位继承战争中反对波旁王朝出身的费利佩五世，因此费利佩五世继承西班牙诸国的王位后颁布新基本法令，1707年至1716年间相继取消阿拉贡、加泰罗尼亚、瓦伦西亚、马略卡等国的议会与自治立法权，使上述诸国纳入卡斯蒂利亚王冠的管辖，阿拉贡王冠消灭。卡斯蒂利亚王冠的总议会，更乐意于接受国王的旨意，西班牙不仅在文化上，而且在政治上也成为专制主义的法国的追随者。其后，波旁王朝的斐迪南五世和卡洛斯三世继续统治着西班牙诸国。
在卡洛斯三世及其大臣伊斯奎拉克侯爵莱奥波尔多·德·格雷戈里奥等人的统治下，西班牙诸国开始实行开明专制，这在18世纪中期为西班牙诸国带来新的繁荣。尽管与法国一同打输对抗英国的七年战争，但是在其后的美国独立战争中西班牙诸国却夺回之前失去的大部分领土，国际地位也得到改善。然而，卡洛斯三世的改革精神在其子卡洛斯四世的统治时期荡然无存，后者被认为存在智力障碍。在他的妻子的情人曼努埃尔·德·戈多伊的操纵下，卡洛斯四世废除卡洛斯三世时期诸多的改革政策。在法国大革命战争其间短暂的反对法国大革命之后，西班牙诸国被哄骗加入与这个邻国的不稳固的联盟，从而遭致英国的封锁。卡洛斯四世优柔寡断，后来又拒绝加入法国皇帝拿破仑一世的大陆封锁体系，导致法军于1808年入侵西班牙诸国，这又最终触发西班牙独立战争。
在由于哈布斯堡王室腐朽的统治所导致的西班牙诸国于17世纪后半叶的衰弱之后，18世纪的大部分时间里西班牙取得实质性的发展。但是这种发展无法挽回西班牙相较于欧洲其他发生巨大变革地区，如英国、法国和荷比卢等国，在政治和商业发展上的落伍。因拿破仑的入侵而爆发的混乱又进一步扩大这条鸿沟。
独立战争
18世纪和19世纪之交的法国大革命和拿破仑战争在全欧洲引起混乱，西班牙诸国在拿破仑战争初期站在法国的对立面，但是西班牙诸国军队的战败促使卡洛斯四世与革命中的法国结盟。之后，在1805年的决定性的特拉法加海战之中，法西联合舰队的主力被消灭殆尽，这又促使西班牙诸国重新考虑与法国的结盟。西班牙诸国退出大陆封锁体系，而拿破仑和西班牙诸国又进一步交恶，最终导致法国于1808年入侵西班牙诸国，半岛战争爆发，法兰西皇帝拿破仑一世迫使卡洛斯四世退位，于马德里扶立其兄长约瑟夫·波拿巴（即何塞一世）成为西班牙诸国的国王，颁布巴约讷规约，使西班牙第一次成为这个国家的正式称呼。
卡斯蒂利亚总议会流亡至加的斯。1812年，加的斯议会创立第一部现代西班牙宪法1812年西班牙宪法中亦使用西班牙诸国作为西班牙的正式国号。由于西班牙诸国遭受到英国的封锁，使西班牙诸国于美洲的殖民地与伊比利亚本土断绝音讯，美洲殖民地开始自行与英国进行贸易。其后它们在南美洲击退英国的入侵，这进一步鼓励殖民地的独立倾向，但殖民地议会仍然宣布支持斐迪南七世，希望在议会已经起草的自由派宪法的框架下从马德里获得更大的自治权。
威灵顿公爵指挥下的英国军队和拿破仑的军队在半岛战争中展开战斗，在这场残酷的战争中，出现西方现代史上的首次游击战：法国在西班牙境内的补给线受到西班牙游击队的多次攻击。伊比利亚半岛的战争局势不断反复，威灵顿花了数年时间坚守位于葡萄牙的堡垒，并在西班牙境内发动数次战役。1813年，在决定性的维多利亚战役中，法军被击败。1814年，斐迪南七世复辟。
恢复君主制
虽然将法国军队赶出西班牙诸国之后，西班牙诸国议会已经宣誓恪守1812年宪法，但是斐迪南七世公开宣称这个国家太自由了。他回到西班牙诸国后，拒绝向宪法宣誓，并继续以其祖先的那种权力专制主义的方式进行统治。
虽然西班牙诸国的伊比利亚本土接受费迪南的这种态度，但是西班牙帝国的新世界部分对此表示反对。革命爆发。西班牙由于之前与法国的作战和国家重建而濒于破产，甚至无法为士兵发饷，最终被迫于1819年将佛罗里达以500万美元的价格卖给美国。1820年，一支被派往殖民地（此时的殖民地处于风雨飘摇之中，受到来自反叛分子和门罗主义的双重威胁）的远征军在拉斐尔·德尔列戈领导下于加的斯发动起义。全西班牙的军队都声明对这些起义者表示同情。斐迪南被迫接受自由派的1812年宪法。在自由派得势期间，斐迪南处于事实上的被软禁状态。
自由派统治三年时间，其后发生西班牙内战，这场战争为之后一个世纪的西班牙政治定下一个基调。自由派的政府被当时的欧洲各国看成是大革命时期法国政府的翻版，引起1822年凡罗拿会议的敌视，法国被授权介入这场战争。法国使用其强大的军事力量——西班牙远征军摧垮自由派政府，斐迪南重掌权力。此时，美洲殖民地已经完全沦陷；1824年，美洲大陆的最后一支西班牙军队在南秘鲁地区的阿亚库乔战役中被击败。
接下来的十年内，西班牙局势动荡不安。由于斐迪南只诞有一名女性继承人，西班牙王位很有可能由其兄弟唐·卡洛斯王子继承。此时的斐迪南由于惧怕外国干涉，已经和保守派结盟，他没有把卡洛斯王子的不同政策作为一种可行的选择来考虑。斐迪南随后颁布1830年国事诏书，使其女儿伊莎贝拉能够继承王位，从而破灭卡洛斯王子的希望。卡洛斯王子逃往葡萄牙，对抗这份诏书。
斐迪南死于1833年，随后年仅三岁的伊莎贝la登基，即伊莎贝拉二世，由此引发第一次卡洛斯战争。卡洛斯率军侵入西班牙，并获得西班牙保守派的支持；伊莎贝拉的母亲——玛丽亚·克里斯蒂娜则被推举为摄政，直至其女儿成年。1836年宪法使得伊莎贝拉二世成为西班牙诸国女王，此后西班牙一直是正式国号，未再变动。
1833年末，叛军看起来已经接近毁灭边缘；玛利亚·克里斯蒂娜被称为“克里斯蒂诺军”（\cristino\ forces）的军队，已经将叛军赶出巴斯克的大部分地区。但是其后卡洛斯任命了巴斯克总督托马斯·德·祖玛拉卡里格为他的总司令。祖玛拉卡里格使叛军恢复了战斗力，至1835年他已经将克里斯蒂诺军赶至埃布罗河边，并将原本士气低落的叛军改造成了一支拥有3000多素质较之政府军更为优秀的士兵的军队。
1835年，祖玛拉卡里格的死改变卡洛斯派的命运。克里斯蒂诺军在贝尔加拉亲王巴尔多梅罗·埃斯帕特罗的有力指挥下，在1836年的勒查纳战役（battle of Luchana）中获得胜利，扭转战争局势。1839年，一纸《贝尔加拉协议》结束第一次卡洛斯战争。
埃斯帕特罗由于战争中的表现成为战争英雄，广受欢迎，被称为“西班牙的保护者”（pacifier of Spain）。他要求玛利亚·克里斯蒂娜进行自由主义改革。但是反对这项主张的玛利亚·克里斯蒂娜辞去摄政职位，并让埃斯帕特罗代替她成为摄政。但是随后埃斯帕特罗推行的自由主义改革遭到温和派的反对，这位前指挥官的雷霆手段在全国各地引起零星的暴动，这些暴动最终都被血腥的镇压。埃斯帕特罗在1843年被温和派的拉蒙·马里亚·纳维茨·坎波斯推翻，后者后来却被仍认为太过于倾向保守派。这时卡洛斯派又蠢蠢欲动，第二次卡洛斯战争随即于1846年在加泰罗尼亚爆发，但是由于缺乏组织，至1849年卡洛斯派被镇压。
成年后，西班牙的伊莎贝拉二世积极参与政府运作，但是在其统治期间却异常不受欢迎。人们认为她只亲近周围的人，而毫不关心西班牙的普通民众。1856年，她试图建立一个置于莱昂帕多·奥唐奈尔领导之下的跨国联盟——伊比利亚联盟，此时后者已经进军至马德里并解散由埃斯帕特罗组织的一届政府。但是伊莎贝拉的计划最终宣告失败，她的政治威信以及在民众中的受欢迎程度都大受打击。
1860年，伊莎贝拉发动一场由奥唐奈尔和胡安·普里姆指挥的、针对摩洛哥的战争，并取得胜利。这场战争提升伊莎贝拉在国内的威望。但是，钦查群岛战争期间的一场企图重新夺回秘鲁和智利的战役中，西班牙被南美国家所击败，遭遇到灾难性的失败。
1866年，胡安·普里姆领导的一次叛乱被镇压。但是很清楚，西班牙人民对伊莎贝拉的统治日渐不满。1868年，爆发光荣革命，进步人士弗朗西斯科·塞拉诺和胡安·普里姆联手发动叛乱，并在阿尔科莱阿战役中击败伊莎贝拉的军队。伊莎贝拉被放逐至巴黎。
之后两年西班牙又爆发革命，陷入无政府状态。1870年，西班牙议会宣布西班牙将会拥有一位新的国王。事后证明，这个决定在欧洲历史乃至世界历史中都扮演重要角色——由于法国反对德意志霍亨索伦王室的利奥波德亲王为王位候选人而发动普法战争。最后，议会选举意大利萨伏依王朝王子阿马德奥亲王为新王，并于1871年加冕。1869年宪法使得阿马德奥一世成为西班牙国王，西班牙诸国到西班牙的转变，象征这个国家进一步的统一。
阿马德奥作为自由党人，已经向自由主义宪法宣誓。但是他立即就面临着一个艰巨的任务——整合四分五裂的西班牙政治形态。他为西班牙人之间以及西班牙各政党之间的相互斗争所折磨。
第一共和国时期
在伊达尔戈事件（hidalgo affair）之后，阿马德奥公开宣称西班牙人民是不可治理的，并逊位离开这个国家。王位虚悬时期，由激进派和共和党人组成的政府宣布成立西班牙共和国。
共和国马上就面临着危机四伏的局面——卡洛斯派是其中最直接的威胁，他们在1872年选举中的惨淡表现之后发动一次大规模的暴动；而第一国际亦号召发动社会主义革命；起义和动荡局面席卷纳瓦拉和加泰罗尼亚地区；此外共和国亦为罗马天主教会所反对。
复辟时代
虽然前女王伊莎贝拉二世仍然在世，但是她已经意识到自己可能会再次引起国内的分裂，于是在1870年她放弃王位转而支持她的儿子阿方索，后者正式加冕为西班牙的阿方索十二世。在西班牙第一共和国的骚乱局面之后，西班牙人更乐于接受波旁王朝统治下的秩序的回归。当时正在国内抵抗卡洛斯派暴动的共和军在马丁内兹·坎波斯准将的带领下于1874-1875年冬季向阿方索效忠。共和派政府被解散，随后在1874年新年前夕，阿方索任命他所信任的顾问安东尼奥·卡诺瓦斯·德尔·卡斯蒂洛为首相。阿方索主动出击，有力的镇压卡洛斯派，并很快的赢得大部分西班牙国民的支持。
西班牙很快就恢复秩序，帕拉希德斯·门托·萨迦斯塔所领导的自由派和安东尼奥·卡诺瓦斯·德尔·卡斯蒂洛所领导的保守派轮流执掌政权。在阿方索十二世统治期间，西班牙的政局得到改善，经济也获得部分的恢复。1885年，阿方索去世；之后卡诺瓦斯·德尔·卡斯蒂洛又于1897年被刺杀，政局再次动荡不安。
1868年开始的十年战争中古巴开始反抗西班牙的殖民统治，这导致西班牙的新世界殖民地上废奴主义盛行。美国对该岛和岛上的人民很感兴趣，遂使得局势愈加恶化。美国缅因号战舰的爆炸引发1898年的美西战争，西班牙遭遇到灾难性的失败。最终古巴获得独立，而西班牙则失去它在新世界的最后一块殖民地——它将波多黎各连同太平洋上的关岛和菲律宾以20万美元割让给美国。1899年，西班牙将其在太平洋上仅剩的几个岛屿——北马里亚纳群岛、加罗林群岛和帕劳卖给德国，至此，西班牙的殖民地只剩下非洲的西属摩洛哥、西属撒哈拉和西属几内亚。
灾难的1898年
灾难性的1898年催生98世代，这批人由要求新政府变革的政治家和知识分子组成。无政府主义运动和法西斯主义运动在二十世纪初的西班牙盛行。1909年，加泰罗尼亚地区的一场叛乱被残酷镇压。