子女
玛莎·华盛顿·杰斐逊(1772年9月-1836年)，托马斯·杰斐逊的长女。
简·伦道夫·杰斐逊(1774年4月-1775年)，托马斯·杰斐逊的二女儿。
未命名(1777年5月)，托马斯·杰斐逊唯一的儿子，出生不久即夭折。
玛莉·杰斐逊(1778年8月-1804年)，托马斯·杰斐逊的三女儿。
露西·伊丽莎白·杰斐逊(1780年11月-1781年)，托马斯·杰斐逊的四女儿。
露西·伊丽莎白·杰斐逊(1782年5月-1785年)，托马斯·杰斐逊的五女儿。
后世纪念
故居、墓地
托马斯·杰斐逊的故居位于美国首都华盛顿西南约160公里的夏洛茨维尔附近的蒙蒂塞洛。蒙蒂塞洛不仅是杰斐逊的故居，也是其墓地所在。1987年，蒙蒂塞洛入选联合国教科文组织世界遗产名录。
纪念邮票
1857年-1861年，美国发行了托马斯·杰斐逊像5美分邮票，邮票分1型和2型两个大类以及红、棕不同的颜色。
纸币
1869年，美国2美元纸币的肖像人物替换成托马斯·杰斐逊，直至1966年2美元纸币因为使用率不高而停产。
国会图书馆
1897年，美国国会图书馆建造了一座新楼储藏图书，被命名为杰斐逊大楼。国会图书馆网站上的联邦立法资讯名为托马斯，以表彰其在国会图书馆遭英军焚毁后，将个人藏书提供给图书馆。
纪念公园
1925年3月，美国国会批准建设拉什莫尔山国家纪念公园，公园的花岗岩山体上雕刻着乔治·华盛顿、托马斯·杰斐逊、西奥多·罗斯福和亚伯拉罕·林肯的头像，其中托马斯·杰斐逊的头像于1936年完工。
纪念馆
杰斐逊纪念堂位于美国华盛顿国家广场。1938年在罗斯福主持下开工，1943年，在托马斯·杰斐逊诞辰200周年时竣工落成。纪念堂的设计很大程度上吸收了杰斐逊生前的建筑理念，其整体风格和罗马万神殿相仿。纪念堂大厅中央矗立着杰斐逊立身铜像，铜像眺望着白宫。纪念馆墙壁上有杰斐逊宣读《独立宣言》情形的雕刻画，他的部分着作也被雕刻在馆壁上。
纪念碑
杰斐逊纪念碑位于美国密苏里州圣路易斯市，又称\圣路易斯拱门\，由英籍芬兰建筑师伊罗·沙里宁设计。1962年开建，1966年完工，是为了纪念托马斯·杰斐逊于1803年决定购买法属路易斯安那地区而建。纪念碑外形是一道银光闪闪的彩虹，高210米，两脚相距210米，建在18.7米高的三角基座上，总重吨，由142块尺度不同的双层三角形中空不锈钢构件组成。
纪念活动
2017年4月13日，在美国首都华盛顿，仪仗队士兵参加杰斐逊诞辰274周年纪念活动。