杰斐逊为争取宗教自由，经历了漫长的斗争历程，发表了大量的关于教会和宗教问题的言论来表达他的宗教自由思想。他还在青年时期就在头脑中形成了宗教自由的思想，他在一篇短文中写道 :\宗教是一种内存的、个人的信仰，是人和他的上帝之间的私事，……不容外界力量，甚至教堂 ，更不用说政府干预。\他认为教会是自由的敌人，是愚昧的朋友 ，反对教会与政府结合。 他说:\宗教在它成为国家的工具时，就成为对于自由的威胁。……在每一个国家和每一个时代，教士总是敌视自由，他始终与暴君联盟，支持暴君的肆虐，以报答暴君对自己的保护。\
杰斐逊特别强调宗教信仰自由的重要性，他曾写道 :\我们从来没有放弃过信仰的权利，而且也不可能放弃。我们对于这个权利只向上帝负责。\他在任弗吉尼亚议员的时候，就公开提出了宗教自由的主张。1776年10月7日，杰斐逊被任命为处理宗教问题的19人委员会成员之一，他同宗教界顽固势力展开了坚决斗争，利用各种场合发表意见。他主张一切人应享有发表宗教见解的自由，任何人不得受强迫参加或维护某个宗教组织，还提出政府应当保护人民的宗教信仰自由。1776年11月，杰斐逊等人起草了一项法案，废除了宗教上有不同意见和不到教会作礼拜的人为罪犯的法律，议会通过了这个法案，这是迈向宗教自由的一大步。
1779年初，杰斐逊向议会提出了着名的\宗教自由法案\，目的在于\把犹太教和非犹太教、基督教和穆罕默德教、印度教及各式各样的不信教者，都置于它的保护之下。\
\法案\指出:精神自由是人的自然权利，因为上帝在创造人类的同时赋予了人以精神自由，而且这种自由权是上帝给予人的权利中最重要的权利。 在杰斐逊看来，信仰自由是人的自然权利之一，是不能被剥夺和转让的。
杰斐逊提出的\宗教自由法案\，由于他的离任和或保守分子的反对，几经周折才干1786年在两院通过成为法律。 这样，许多因宗教主张和活动而犯罪的法律被废除了;不信官方教会的人也不必再捐款了;无论什么种族的公民都可自由信仰宗教了;政教终于分离了。\法案\在美国历史上\开辟了一个新的自由的时代\，\在人类进步方面是个里程碑\。
杰斐逊的宗教自由思想，包含有两层意思 :一是任何人都有信仰或不信仰任何宗教的自由;二是任何信教的人有履行其所信教教义和教仪的自由，国家不得强迫任何人履行任何宗教仪节。杰斐逊要求的是取消任何占统治地位的宗教，实现各教派的完全平等和信仰的完全自由，而不是以某种宗教为主而容忍其它教派的存在。
杰斐逊的宗教自由思想 ，是美国社会政治和意识形态领域里的一次大变革，是法国启蒙思想家\自然权利学说社会契约论\等启蒙思想在北美的发展。杰斐逊以社会契约论为理论根据，指出组织政府的目的就是为了保障人民的一系列权利自由，否则政府就无存在的基础和必要了。以此说明并强调政府应当保护人们的宗教信仰自由，这符合美国资本主义经济发展和自由贸易的需要，也反映了资产阶级共和政体的原则要求。 因而杰斐逊的宗教自由思想对于揭开当时民族压迫和阶级压迫表现形式的宗教压迫的神秘面纱，唤起民族意识的觉醒，顺应历史潮流是有积极意义的。
历史评价
美国第二任总统约翰·亚当斯:他在文学和科学上享有盛名，在写作上独具禀赋。他的作品因其在遣词造句方面的独具匠心而广为流传，为人瞩目。
美国政治家亚历山大·汉密尔顿:说杰斐逊极端狂热，将不惜一切以推行他的原则，终将和他的声望或利益不相容。实则这个人同我所知之任何人一样能够顺时应势一一斟酌如何有利自己的声名或利益;这种气质的可能结果是使体制得以维持，这一体制原来虽然遭到反对，但既已确立，要想推翻势必危及推翻者。我认为，观杰斐逊先生的品性，保证可望有一顺时应势的体制，并无生成狂暴体制的可能……况且并无充分理由推断他有堕落的可能，故可断定他必不致有越轨妄为。
美国第16任总统亚伯拉罕·林肯:这位伟人在一个民族争取独立斗争的巨大压力之下，尚能冷静沉着，有预见有能力在一份充满革命气息的文件中加入抽象的真理，这真理适用于任何时代的所有人类。
历史学家亨利·亚当斯:寥寥几笔就能勾勒出美国早期所有总统的形象，唯有杰斐逊是个例外，只能用笔尖一笔一画地画，画像是否逼真取决于能否画出变幻、飘忽的阴影。
英国历史学家保罗·约翰逊:就学识全面、天赋才华、领悟能力和成就造诣而言，从未有过哪个美国人可以跟他相媲美，几代受过教育的美国人都把他看得比华盛顿和林肯更高。
美国学者戈登·伍德:无论我们将民主视为个人所拥有的生命、自由和追求幸福的权利，还是视为多数人自我统治的权利，杰斐逊都是民主的最着名、最善表达的代言人。
普利策奖得主乔恩·米查姆《权力的艺术:托马斯·杰斐逊传》:1杰斐逊的天才之处就在于，他既是哲学家又是政治家，而且常常能同时扮演好两种角色。2杰斐逊在整顿思想、打动人心方面的能力超群，激情澎湃的同时又不失踏实务实。为实现构想，他妥协退让，也相机变通。3他代表了一种永恒的戏剧情节:在复杂的乱世当中，通过争夺国家的领导权实现伟大的变革。
《中华读书报》:1在美国历任总统中，托马斯·杰斐逊是最难以捉摸的一位。他的思想与性格既单纯又复杂--博学多才却又过分天真，洞悉人心却又自欺欺人，高擎理想的火炬却又放纵不羁。2同时代的华盛顿、富兰克林以及后辈的林肯、罗斯福等人大都归档于历史，唯杰斐逊一直属于当下，并以巨大的存在感参与到宪制、废奴、堕胎、医改、环保、平权运动乃至全球治理等美国各个时期内政外交的重大议题之中，成为检验各种信念、原则、真理成色的试金石。杰斐逊的\当下性\让历史研究者难以对其盖棺论定，只好称他为\多变之人\或\美国伟大的凡人\，认为其真正的遗产是\对遗产的否定\。
轶事典故：
桃色丑闻
21岁时，托马斯·杰斐逊曾向一位朋友的妻子求爱，此事在他任总统期间被作为丑闻曝光，备受诘难。
喜爱葡萄酒
1787年，托马斯·杰斐逊对法国和意大利进行外交访问，这段旅行使其成为欧洲葡萄酒的忠实爱好者。 杰斐逊最喜欢的酒款是来自波尔多、勃艮第(burgundy)和苏玳(Sauternes)产区的顶级年份葡萄酒。此外，他也十分欣赏法国北罗讷河谷(Rhone Valley)埃米塔日(hermitage)的白葡萄酒、匈牙利的白葡萄酒以及葡萄牙的马德拉酒(madeira) 。
多才多艺
托马斯·杰斐逊好学多才，兴趣广泛。他是土地测量师、建筑师、古生物学家、哲学家、音韵学家和作家。他懂得拉丁语、希腊语、法语、西班牙语和意大利语，还对数学、农艺学和建筑学，甚至提琴等感兴趣。人们称他是天资最高、最多才多艺的美国总统。
大奴隶主
被称为\民主之父\的托马斯·杰斐逊也是个大奴隶主，毕生坚守蓄奴生活，至死拒绝解放自己的奴隶。
人际关系
托马斯·杰斐逊的双亲皆为世居维吉尼亚的移民家庭。
父亲
彼得·杰斐逊，为农民兼测量员。
母亲
简·伦道夫·杰斐逊(1719年-1776年)，为艾夏姆·伦道夫(Isham Randolph)与简·罗杰斯(Jane Rogers)之女，彼得·杰斐逊之表亲。
妻子
玛莎·威利斯·斯凯尔顿(1748年-1782年9月)，与托马斯·杰斐逊于1772年1月1日结婚。
子女
玛莎·华盛顿·杰斐逊(1772年9月-1836年)，托马斯·杰斐逊的长女。
简·伦道夫·杰斐逊(1774年4月-1775年)，托马斯·杰斐逊的二女儿。
未命名(1777年5月)，托马斯·杰斐逊唯一的儿子，出生不久即夭折。
玛莉·杰斐逊(1778年8月-1804年)，托马斯·杰斐逊的三女儿。
露西·伊丽莎白·杰斐逊(1780年11月-1781年)，托马斯·杰斐逊的四女儿。
露西·伊丽莎白·杰斐逊(1782年5月-1785年)，托马斯·杰斐逊的五女儿。
后世纪念
故居、墓地
托马斯·杰斐逊的故居位于美国首都华盛顿西南约160公里的夏洛茨维尔附近的蒙蒂塞洛。蒙蒂塞洛不仅是杰斐逊的故居，也是其墓地所在。1987年，蒙蒂塞洛入选联合国教科文组织世界遗产名录。
纪念邮票
1857年-1861年，美国发行了托马斯·杰斐逊像5美分邮票，邮票分1型和2型两个大类以及红、棕不同的颜色。
纸币
1869年，美国2美元纸币的肖像人物替换成托马斯·杰斐逊，直至1966年2美元纸币因为使用率不高而停产。
国会图书馆
1897年，美国国会图书馆建造了一座新楼储藏图书，被命名为杰斐逊大楼。国会图书馆网站上的联邦立法资讯名为托马斯，以表彰其在国会图书馆遭英军焚毁后，将个人藏书提供给图书馆。
纪念公园
1925年3月，美国国会批准建设拉什莫尔山国家纪念公园，公园的花岗岩山体上雕刻着乔治·华盛顿、托马斯·杰斐逊、西奥多·罗斯福和亚伯拉罕·林肯的头像，其中托马斯·杰斐逊的头像于1936年完工。
纪念馆
杰斐逊纪念堂位于美国华盛顿国家广场。1938年在罗斯福主持下开工，1943年，在托马斯·杰斐逊诞辰200周年时竣工落成。纪念堂的设计很大程度上吸收了杰斐逊生前的建筑理念，其整体风格和罗马万神殿相仿。纪念堂大厅中央矗立着杰斐逊立身铜像，铜像眺望着白宫。纪念馆墙壁上有杰斐逊宣读《独立宣言》情形的雕刻画，他的部分着作也被雕刻在馆壁上。
纪念碑
杰斐逊纪念碑位于美国密苏里州圣路易斯市，又称\圣路易斯拱门\，由英籍芬兰建筑师伊罗·沙里宁设计。1962年开建，1966年完工，是为了纪念托马斯·杰斐逊于1803年决定购买法属路易斯安那地区而建。纪念碑外形是一道银光闪闪的彩虹，高210米，两脚相距210米，建在18.7米高的三角基座上，总重吨，由142块尺度不同的双层三角形中空不锈钢构件组成。
纪念活动
2017年4月13日，在美国首都华盛顿，仪仗队士兵参加杰斐逊诞辰274周年纪念活动。