同印度的关系
巴印两国历史积怨甚深，克什米尔问题是两国的核心问题。印巴于1947年、1965年和1971年三次爆发印巴战争。1971年巴同印断交，1976年复交。2001年12月，印议会大厦遭袭，印指责巴支持的克什米尔jiduanfenzi涉嫌其中，双方关系再度恶化。印巴边界百万大军对峙10余月，两度濒临战争边缘。在国际社会的斡旋下，巴被迫承诺永久停止越界渗透活动，2002年10月，印巴先后从国际边界撤军，南亚紧张局势有所缓和。
2013年初，印、巴双方在克区控制线附近多次发生越境交火事件，印、巴各有多名军人死伤，对双边关系改善造成一定干扰。2013年6月，谢里夫当选总理后，表示将致力于改善巴印关系。印总理辛格派特使访巴。2013年8月，巴印在克什米尔控制线附近发生交火。10月以来，巴印在控制线附近连续发生交火，造成双方至少17人死亡。双方相互指责对方挑起事端。2015年3月，印度外秘苏杰生访问巴基斯坦。7月，上海合作组织乌法峰会期间，巴基斯坦总理谢里夫和印度总理莫迪举行会晤。12月，印度总理莫迪突访巴基斯坦，与巴总理谢里夫实现会晤，两国关系出现积极势头。2016年1月，印度北部旁遮普邦空军基地遭袭，有推测称巴境内反印组织“穆罕默德军”涉嫌实施。印巴推迟原定于1月举行的外秘级对话。
2018年5月29日，巴基斯坦和印度达成一致，同意遵守2003年签订的停火协议，恢复查谟和克什米尔地区的和平。
2019年8月7日，巴基斯坦方面称，将降级与印度的外交关系，并暂停与印度的双边贸易。巴基斯坦外长称，将召回驻印外交官，并驱逐驻本国的印度外交官。
同阿富汗的关系
巴基斯坦与阿富汗在地理、历史、文化、宗教、种族关系上密切。“9·11”事件后，巴参与国际反恐，打击塔利班和jidizuzhi，努力发展与阿富汗政府的关系，积极援助阿重建。
2013年4月以来，巴阿在“杜兰线”（英国殖民者人为划定的阿巴边界，阿方一直不予承认）附近发生交火，在推动阿富汗塔利班参与阿和谈问题上矛盾上升，关系再度趋冷。7月，巴总理国家安全和外交事务顾问阿齐兹访阿，修复巴阿关系，推动卡尔扎伊总统访巴。8月，阿总统卡尔扎伊访巴，同谢里夫总理举行会谈，双方就阿巴关系、阿和解进程、地区局势等交换意见。11月，谢里夫总理访阿。
2014年9月，巴基斯坦总统侯赛因出席阿富汗总统加尼就职典礼。11月，加尼总统访巴。加尼多次表示愿在任内推动巴阿关系改善。2015年5月，巴总理谢里夫访阿。
2015年7月，阿政府与塔利班和谈停滞，阿对巴指责加剧。2017年10月，巴基斯坦陆军参谋长巴杰瓦访问阿富汗，巴阿关系出现积极缓和势头。12月，首次中国-阿富汗-巴基斯坦三方外长对话在北京举行，三方达成一系列共识并发表了新闻公报。
2018年4月，巴总理阿巴西访阿，双方在政治、经济、安全等领域达成许多共识，向外释放改善关系的积极信号。9月，巴外长库雷希访阿，同阿领导人举行会见会谈，双方就改善关系作出积极表态。12月，第二次中国-阿富汗-巴基斯坦三方外长对话在阿富汗喀布尔举行。