参见：帕米尔高原
在清朝全盛时期，帕米尔高原全境属于清朝所管辖，1890年间，俄英两国签定英俄协定，由英国取得瓦罕帕米尔，俄国取得北部。目前除东部倾斜坡仍为中国大陆所管辖外，大部分属于塔吉克斯坦，只有瓦罕帕米尔属于阿富汗。中华民国成立以后，因处于战乱时期，帕米尔高原始终无法有效统治。但中华民国政府始终将帕米尔高原西边的喷赤河视为是中国的极西点。
在1960年代中华人民共和国与阿富汗签订边界条约，正式承认放弃瓦罕帕米尔。1990年代塔吉克斯坦独立，在签订条约时也承认放弃帕米尔北境，中国极西点向东移至今日位置。
中国和塔吉克斯坦于2010年4月27日签订的《中华人民共和国和塔吉克斯坦共和国政府关于中塔国界线的勘界议定书》，塔方实际控制下的1158平方公里土地划归中方。2011年1月，为解决和中华人民共和国之间的领土纠纷，塔吉克斯坦议会投票支持划给中华人民共和国1千平方公里的土地，只占有争议土地面积的3%稍多一点。
塔吉克斯坦外交部长扎里菲把这次土地转让称为是塔吉克斯坦的一次外交胜利，因为中国早期宣称对2万8千平方公里的塔吉克斯坦领土拥有主权。不过，塔吉克斯坦的反对派领导人则对此有不同看法，称这个举动并不符合宪法，而且这本来就是塔吉克斯坦控制的土地。
2011年9月20日，中华人民共和国和塔吉克斯坦共和国边防部队代表在帕米尔高原中方第75号界桩处举行中塔新划定国界交接仪式。
塔吉克斯坦与吉尔吉斯斯坦也历来存在边界争议。苏联瓦解，两国争议台面化，双方970公里的边界至今只有504公里划定，尚有70处地段存有争议，双方边境冲突不断。2022年3月10日双方边防部队交火，塔吉克斯坦媒体声称是吉方巡逻队入侵并要求塔军后撤，塔军拒绝后爆发枪战，造成塔军1人死亡，2人受伤事件。
自然资源
塔吉克斯坦水利资源丰富，占整个中亚的60%左右，居世界第八位，人均拥有量居世界第一位，但开发量不足实际的10%。其水源主要来自冰川，主要有三大水系，分别属阿姆河流域、泽拉夫尚河流域和锡尔河流域。长度500公里以上的河流有4条，长度在100—500公里的河流有15条。主要有阿姆–喷赤河（921公里）、泽拉夫尚河（877公里）、瓦赫什河（524公里）、锡尔河（110公里）。国内湖泊颇多，最大的湖泊为凯拉库姆湖（即喀拉湖，素有“塔吉克海”之称），最高的湖泊为恰普达拉湖（海拔4529米），也是独联体最高湖。
塔吉克斯坦矿产资源丰富，种类全、储量大。经过1971—1990年大规模的勘探，发掘出400多个矿带，已探明有铅、锌、铋、钼、钨、锑、锶和金、银、锡、铜等贵重金属，油气和石盐、硼、煤、萤石、石灰石、彩石、宝石等50多种矿物质，其中有30处金矿，总储量达600多吨；银矿多与铅、锌伴生，储量近10万吨，有世界上第二大银矿区，即大卡尼曼苏尔银矿区；锑矿在独联体占领先地位，在亚洲占第三位，仅次于中国和泰国；塔吉克斯坦铅锌矿储量在中亚地区占据主导地位，国内90%的矿藏分布在北部费尔干纳盆地附近的卡拉马扎尔矿区，仅大卡尼曼苏尔和阿尔登—托普坎两矿区就已探明超过10亿吨的铅锌矿储量。锡矿主要分布在泽拉夫尚河谷和帕米尔南部，初步探明储量2万吨。