摧毁了‘次元裂缝’后，各文明的舰队又花了三个多月的时间，将剩余的‘破界者’战舰给全部清除干净了。
2085年9月6日，‘星海共同体’理事会正式宣布，被称为‘第一天灾’的‘破界者’，已经被完全消灭。
其对银河系的威胁，也彻底的解除了。
不过，第二天灾‘索林原虫’和第三天灾‘肃正协议’依旧存在，银河系各文明深知，目前还没有到可以庆祝的时候。
共同体理事会也将下一步的目标，放在了打败‘索林原虫’和‘肃正协议’上。
经过四个多月的休整、改编和备战后，共同舰队开始兵分三路，向被‘索林原虫’占据的其中三个星系飞去。
原虫的个体实力不强，但数量众多，而且繁殖速度很快，成长的周期也很短。
正是凭借这样的优势，原虫才可以在一开始处于绝对劣势的情况下，撑到了如今能和强大的‘肃正协议’打得难解难分。
三支编队驶入原虫占领的星系后，激烈的战斗随即展开。
尽管将大量的生物战舰部署在了与肃正交战的前线星系，但原虫留守在这三个星系的生物战舰数量也有很多。
如果放在以前，共同舰队难免要经历一番苦战，才能击败这些生物舰队，将被占领的星区夺回。
可今时不同往日了，共同舰队在没有动用基因武器的情况下，其舰载武器轻易就能洞穿生物战舰的甲质外壳。
而战舰的护甲，也已经能有效的抵御虫舰的生物导弹、角质飞刺、天灾酸液等方式的攻击。
拥有了这样的实力，三支编队并没有经历太过激烈的战斗，就将原虫的生物战舰给干掉，并夺回了这三个星系。
接下来的日子里，共同舰队在保证补给航线安全的前提下，对原虫占领的星系发起了全面的收复战役。
仅仅三个月不到的时间，11个星系被成功收复。
6颗被用来生产虫兵和生物战舰的孵化星球，被共同舰队给成功‘净化’，使得原虫兵力补充的效率被极大地削弱了。
就这样，在共同舰队和肃正舰队的双重攻击下，‘索林原虫’所控制的星系一个接一个的被攻陷。
尽管又有大批的原虫生物舰队，从它们原本所在的世界赶来支援。
但面对数量已经不输于自己，实力又比自己高很多的共同舰队和肃正舰队，‘索林原虫’彻底败亡的局面，已经是不可逆转了。
其中的一只虫后，或许是看到了败局已定，竟然带着自己所管控的那支生物舰队离开了银河系。
黄海滨见状，交代了一些事情之后，便独自驾驶战机，追寻那支开溜生物舰队而去。
人类一方都知道黄海滨的实力，所以并不担心他的安危。
2086年7月11号，共同舰队收复了‘图雅玛星系’，消灭了最后剩余的原虫生物母舰，
至此，‘索林原虫’的威胁不复存在。
只要将‘肃正协议’的最后一颗机械星球给毁掉，银河系各文明就能获得最后的胜利了。
其实，早在最后一批‘索林原虫’被消灭前，共同舰队就已经与肃正的舰队发生过了数次战斗。
不过在当时，双方的攻击重点都不在对方身上。
星海共同舰队想要尽快消灭剩余的原虫，然后再集中力量对付‘肃正协议’。
而肃正舰队则在调集兵力，希望在能赶在共同舰队完全消灭原虫前，将来势汹汹的‘赛博勒克斯守护者’给灭掉。
好在兵力充足的共同舰队兵分多路，以更快的速度和效率干掉了所有剩余的原虫。
2086年7月18日，共同舰队同样兵分三路，攻向了被‘肃正协议’占领的三个星系，与其展开了最后的决战。
由于长期与‘索林原虫’交战，这片星域的肃正战舰数量虽然不多，但战斗力却是最强的。
在其数据库中，存储和推演了多种新式的战术和战法。
而且，为了有效对付原虫，这些肃正战舰的舰载武器和护盾护甲升级和改造过。
比之前肆虐另外三个星域的同类战舰更强大、更先进。
因此，在与这些肃正战舰作战的过程中，共同舰队舰船损失的比例，比以前的战斗要大了不少。