小智和莎莉娜决定，先回学校。
结果派帕告知，新的宝主出现了。
于是，小智和莎莉娜马不停蹄地赶到了新宝主所在的地方。东第三区。
小智派出踊跃鸭和炙烫鳄以及电海燕三只神奇宝贝出来特训，随后，与潜刚宝主进行一番激战后，打败了拖拖蚓。
随后，小智和莎莉娜来到了毒帮班的驻地。
在毒帮班的帮助下，小智的神奇宝贝们经过高强度特训已经完全进化到最终形态了。
挑战了超能系的道馆后，小智和莎莉娜遇见了铁辙迹，打败铁辙迹后，到了妖精帮班的地方。
喷火龙他们的教学已经完成，奥尔迪加将战车重新加固改装了一下，让小智的神奇宝贝可以将能量转化为动力。
同时，武藏和小次郎已经造好了最新版的暴龙机负责容纳汉克兽。
随后，小智和莎莉娜在故勒顿和密勒顿的帮助下，来到了冰系道馆所在，拿到了徽章。
最后，小智和莎莉娜在派帕的引导下，找到了最后的伪龙宝主。
打败了全部的宝主，让故勒顿和密勒顿恢复了除了战斗以外的全部能力。
最后，去看望最后一个老大的驻地后，得知其他的灾厄神奇宝贝的封印并没有出现问题。
于是，小智和莎莉娜回到了学校。
由于小智的神奇宝贝数量依旧是不足，所以，小智开始搜集强大的神奇宝贝的资料。
与此同时。
佐天泪子打败了这个世界的牡丹，获得了两个牡丹的认可。
随后，佐天泪子就去找也慈了。
帕底亚巨坑外。
受到核废水的影响，神奇宝贝们开始狂躁起来了。
“看起来，事情大条了。”
牡丹通过附近的监控，给大家播放具体情况。
“这个核废水真是太厉害了。”
毒帮班的秋明老大眉头紧缩。
“确实，这个危害程度超过了我们所有人的预设，必须想到解决的办法。”
梅洛可点了点头。
“关于这一点，我已经有了想法，或许，帕底亚巨坑内，有解决的办法。”
牡丹说着，打开了一份文件。
“从帕底亚巨坑中，我发现将这几种食材合在一起，或许可以解决这次的危机。”
“但是那个地方危机重重，还是。”
“让那个世界的世界冠军出马，效果可能会更好。”
牡丹已经有了决断了。
“我们一定会撑到那个时候的，老大。”
所有老大纷纷回到自己的驻地。
学都许多有能力的同学都去往天星队驻地主动镇守。
这时。
守在封印之地的副队长们突然发现，封印开始松动了。
“怎么会！”
四位副队长立刻派出神奇宝贝加强封印。
但是。
“轰！封印还是被破坏了。”
“这，外面的封印完好无损，他们是怎么从内部破坏的？”
实际上。
一个月前。
可爱的莉可同学正在溜猫。
突然。
狗豪黑漆漆狗爪子已经准备染指莉可的新叶喵了。
“拿来吧！”
狗豪一网子下去，莉可死死抱住新叶喵。
为了让立刻撒手，狗豪又补了一棍子。
“嘿嘿，你是我的了。”
狗豪刚要伸手，这时，一名少年直接给了狗豪一个大电炮，身旁的呆火鳄使出喷射火焰燎着了狗头。