接着是中枢的体制，五军都督府划分辖区，五军都督府改为东西南北中五个都督府：
其中北方都督府掌管山西，北直隶，北方都督府大都督为刘宗敏；
东方都督府掌管山东，南直隶，浙江，东方都督府大都督为李过；
西方都督府掌管陕西，贵州，四川，西方都督府大都督为田见秀；
南方都督府掌管福建，广东，云南，南方都督府大都督为刘芳亮；
中部都督府掌管河南，湖广，中部都督府大都督为高一功。
五军都督府负责具体的军事指挥作战和日常军队管理，即五军都督府掌握“统兵权”。
兵部则负责发出命令和部队的调动以及后勤政务工作，换言之，兵部掌握“调兵权”
同时，李自成准备将顺军中的一些原明军将领，如左光先等将门出身的将领新组建一个总参谋部负责拟定作战计划和进行参谋工作。
这番改革下来文官们不太满意，毕竟他们的一大块权力被划给了五军都督府和未来的参谋部，但自古以来，开国初期都是武将们风头正盛之时，文官们也只能安慰自己当年大明文官能一步步把五军都督府架空，今后文官们肯定也可以。
闯营将领们其实也不太满意，参谋部的出现某种程度上对将领们权力的削弱是大于兵部的：
大部分顺军将领都没什么能力搞后勤建设，因此兵部拿走的权力他们本来也染指不到，但是总参谋部的出现变相拿走了将领们的权力：
将领们以后指挥作战的权力被拿走了一大块，以后他们就只能依据总参谋部的计划打仗了。
于是刘宗敏说道，“陛下，如果让参谋部拥有拟定作战计划的权力，那我们这些前线当兵的是不是只能照着他们划定的计划打？”
李自成说道，“理论上是这样，但是具体的指挥作战仍由各级将领负责，比如参谋部拟定的计划是进攻某座城市，但具体怎么打下这座城镇就是各级将领的事情了。”
刘宗敏本来想说让怎么能让这帮手下败将给大家伙拟定计划，但听了李自成的话之后他终究还是选择了沉默。
看刘宗敏沉默了，李自成知道自己这些陕西老兄弟还是不太满意，但没办法，以历史来看，李自成的这帮陕西老兄弟们的战略能力真的捉急（当然历史上李自成自己战略能力也不咋样），李自成只能这么安排。