进取号退出曲速航行以后，一艘巨无霸战舰出现在了船员的视线之中。
虽然他们以为这是一艘战舰，但这不过是来自未来的一艘普通采矿船而已。
在进攻进取号的时候，罗慕伦人的舰长尼禄，发现了铭刻在进取号船身上的名字。
他知道，史波克大使曾在这艘船上服役，当即决定与进取号进行通讯，以此满足自己的报复心。
在交谈之中，船员们惊讶的发现，尼禄舰长居然认识史波克，这也让史波克很费解。
但尼禄的话明显含有深意：“没错，我们只是现在还不认识。”
随后，历史重演，与主角亦师亦父的舰长，被尼禄要求登上敌方星舰，与其谈判。
他不得不答应下来，否则只能让进取号的船员与他的固执陪葬。
主角与星际最强舵手苏鲁，还有一个龙套，被派往瓦肯星地面，负责捣毁敌方干扰装置，在一番激战反转之后，他们成功了。
可惜的是，龙套牺牲了，只剩下主角与星际最强舵手苏鲁，被熊国天才少年契诃夫传送回了进取号上。
在这期间，他们也知晓了尼禄的用意，他要在瓦肯星的地核之中，制造一个黑洞，用来吞噬一切。
在救援过程中，史波克的母亲不幸离世，六十亿人口的星球化为乌有。
所有的瓦肯人，在这一天也变成了濒危物种，这让史波克的情绪产生了强烈的波动。
在他与主角发生争执之后，将主角丢到了织女四星，一颗m级行星之上。
在这段剧情中，首度出现的红物质让读者们大开眼界，仅仅一滴便可引发时空畸变，制造出黑洞吞噬一切。
跨空间传送技术、m级行星等设定，也都非常的有意思。
在主角行走在这颗冰原行星之上时，遭遇了虚构出来的各种怪物，阴差阳错之下，一场宿命的相逢缓缓展开。
救下主角之后，面前这老态龙钟之人，居然一语道出了主角的名字。
贯穿全剧的经典台词，也被面前的老者说出：“我将一直是，也将永远是你的朋友。”
一番交流之后，主角才知道，面前这人居然是来自未来的史波克。
在瓦肯人的心灵融合能力之下，主角知道了事情的起因。
在129年后，一颗恒星会发生爆炸，威胁整个银河系的存亡，老史波克就是从那个时代来的。
来自未来。
一颗恒星爆炸成为了超新星，摧毁了周围的一切。
史波克向罗慕伦人保证，他会救下他们的星球，于是他驾驶着那个时代最快的星舰——水母号赶往爆炸的发生地。
水母号上也搭载了红物质，可以用来创造黑洞，吞噬掉正在爆炸的恒星。
但是一切已经来不及了，在史波克还没赶到的时候，超新星已经摧毁了罗慕伦星。
在老史波克用红物质制造出黑洞，吞噬掉超新星之后，尼禄出现了，他向史波克不要命的攻击，声称是他毁掉了罗慕伦。
因为双方的纠缠，导致他们都没有逃过黑洞的引力。
尼禄率先跨越黑洞，来到了25年前，一手造就了开尔文号的悲剧，也就是主角父亲牺牲的那一天。