方鹏飞留下刘启龙部、马大海部镇守拉萨，清剿残军和看守俘虏，他则带着本部人马和蔡云杰部继续追击和硕特残部。
他打算趁和硕特部还没缓过劲来，彻底解决掉和硕特，并放下话来，不捉住和硕特汗决不收兵。
和硕特残部在逃亡的过程中，内部开始出现悲观和不满情绪，并不断出现逃兵，最后演变成了大范围叛逃。
和硕特汗逃到仲巴地区时，身边的2万人马，再次缩水为2千人马，可以说是众叛亲离。
和硕特汗到了仲巴地区终于没办法再逃了，不是他不想逃，而是因为他的手下反水了，把他绑缚到方鹏飞面前。
和硕特汗被抓，标志着和硕特汗国的灭亡。
西征军撤退收复了和硕特汗国。
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杨嘉谟带领的另一支西征军，对叶尔羌残军也是紧追不舍，一直追杀到叶尔羌汗国的老巢莎车。
在莎车，叶尔羌汗已经逃无可逃，身边的人马也只剩下一万多人。
杨嘉谟带领大华军牢牢包围了莎车，并要求叶尔羌汗3日内开城投降，否则杀入城内鸡犬不留。
叶尔羌汗见大势已去，只得开城投降。
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远在南京的李向东，自从得知西征军被围，他就一直忧心不已，如果西征军战败，收复西藏和新疆的进程估计要延后一二十年。
虽然他已经发出诏命，让吕宪政全权负责解救西征军事宜，指挥陕西、甘肃、四川、山西的驻军进入青海解西征军之围，但还是担心行动有些太迟了。
但令李向东没有想到的是，诏命没发出去多久，前线就送回来战报，吕宪政不仅解了西征军之围，还跟西征军内外夹击，打败了和硕特和叶尔羌联军。
李向东敏锐地感觉到这是收复西藏和新疆的最佳时机，不能让和硕特和叶尔羌缓过劲了，他马上发出诏命，让西征军和援军乘胜追击，分别打到拉萨和莎车去，一举解决和硕特汗国和叶尔羌汗国。
随后捷报不断传来，大华军不仅打到拉萨和莎车，甚至还俘虏了和硕特汗和叶尔羌汗，彻底收复了和硕特和叶尔羌。
收到这些捷报，李向东忽然感觉有些不真实，前一段时间西征军还处于被围状态，危在旦夕。
转眼间形势就发生了逆转，西征军之围得以解除，还一举打败了和硕特汗国和叶尔羌汗国，收复了西藏和新疆，幸福就像是龙卷风，来得太突然。
李向东当即发出诏命，让方鹏飞和杨嘉谟继续清剿西藏和新疆地区的反抗武装，等肃清反叛再班师回朝。
就在大家都沉浸在收复西藏和西域的喜悦之中时，全国最高民意委员会却提交了一份调查提案。
提案中要求调查的人正是吕宪政、杨嘉漠、王绍辉、黄龙、陈新茂几位收复西藏和新疆的功臣。
提请调查吕宪政的理由是，吕宪政在没有授权的情况下，擅自调兵参战。