想起当初萧轩的一些告诫和叮嘱，王远最终还是最出了相对来说更保守一些的选择和决定。见到进攻马尼拉的一些作战报告之后王远确信登陆的两千名官兵有能力暂时防守这里，因此在向马尼拉增援补充了一些火炮、弹药、弓箭还有食水给养之后就率领船队展开了返航，先会到了泉州港并向南京报告了作战情况，同时也在全州补充了不少用于近战的臼炮和相关弹药，乃至其他火炮。
菲律宾一带的一连串交战虽然没有以最完美的方式取得胜利，但对萧轩来说却终究没有带来太大的压力，而且王远为了避免太大的风险并不太过估计自己面子的举动也让萧轩为之认同。
很显然：以不到四十艘标准主力舰，数千骨干水上力量为核心的海上力量要想彻底解决掉南洋的海上之敌还是有些不够。在陆上或海上的作战行动中也暴露出了不少问题来，最为关键的问题是船上携带的给养对于南洋一带的行动来说明显显得有些过多，而平均每艘船配备的人力偏少，根本不能挥出纵向人力螺旋桨在机动力上的优势来，不过在权衡再三的情况下萧轩也不愿意让战时拖延到秋季、冬天，甚至明年，因为等到那个时候，谁也不知道会不会出现什么变故。在远离东亚的南洋，南进的船队最有可能遇到的对手还不仅仅是已知那些力量。
“现有的海上力量建设已经开始步入正轨，现在来看几十艘主力舰或许是整个明朝官方水师不可缺少的一支力量，可是到了五年十年之后，就大有不同。即便我们这一次南下遇到了挫折，同样有机会在数年之后翻盘。。。”最终萧轩如此在新成立的海军部门下令道。
在这样的情况下，萧轩毫不犹豫的下令可以动用的刚刚完成了训练的二十艘主力挂甲船加入南洋远征舰队的序列，几乎与此同时，增调了五千名志愿部队精锐中比较身强力壮并且在人力螺旋桨操作方面有更多训练和经验的陆战队员，并编组为两个陆战团，此外还征调了很多专门的火炮手，照明装备，中央庄园学院刚刚试制出的不少火箭和照明装备。让核心建队五十五艘挂甲船上的人员编制增加到了一万两千人的规模，除了轻型火炮之外，二三百门臼炮也武装到了船上，让这些船在近距离迫近对手的时候有更多歼敌杀伤手段，整个舰队的实力不考虑航速可能的增加也增加为原来的几倍之多。
吸取之前海战中的经验，为了更有效的在海战中作战指挥和有效的协同，这一次准备南下的舰队中不再有郑家集团的跟随。事实证明：西洋主力海船在火力和防护力乃至机动性上的优势还是明显的，如果让明显战斗力偏弱的一些船只跟随，在很大程度上反而是舰队的一种负担
让萧轩有信心让南洋舰队继续展开南下的当然还有巴达维亚在很大程度上位于热带无风带，更为有利于挥纵向螺旋桨的优势。
就这样，在王远所率领的船队进行了一个月左右的休整补充并进行了充分的武装之后，再一次展开了下南洋的作战行动。