秦始皇被忽悠住了，说：“我仰慕真人。”于是不再自称“朕”，而自称“真人”，又下令将咸阳方圆200里内的270座宫殿，用空中“复道”和带盖子的“甬道”相连，他走到哪里都要严格保密，谁说出去就是死罪。
从此，秦始皇深居简出，处理朝政都在咸阳宫，要是偶尔出去也行踪诡秘。原先性格还算开朗的他，这以后就变得很孤僻了。政坛从来是高处不胜寒，换了谁也难免。
秦始皇对方士深信不疑，但方士心里明白：这不过是哄独裁者高兴。可是方士这个活儿，跟御用文人不一样，文人怎么吹都行，方士是必须要拿出长生药来的，“不验，辄死”。时间一长，总拿不出来怎么办？
就在焚书的第二年，负有寻找长生药使命的侯生和卢生，私底下就这一问题，展开了一番讨论。
他们说：“始皇这人，天性刚愎自用，从诸侯起家，兼并天下，随心所欲，以为自古以来无人可及。现在又专用狱吏，博士虽有七十人，但备而不用，丞相等诸大臣，只管办事，一切由皇上说了算。皇上以杀人刑罚树立威望，天下人怕得罪、要保俸禄，都不敢尽忠。这样一来，皇上听不到批评而日益骄横，下面因为害怕就只挑好听的说，以取悦皇上。秦法，药方不灵验，那可是立刻就得死的呀。现在，懂天文气象的有三百人，皆良士，因为忌讳就只能说些拍马屁的话，不敢直截了当批评上面。天下大小事，都是皇上说了算，一天要看几百斤文件，不看完不休息，贪恋权势如此，我们决不能为他求仙药。”
看来，古代的方士，也不能简单归结为骗子，他们还有以天象、占卜劝谏君主的功用，这是积极的一面。
两人讨论完毕，既出于害怕，又出于正义感，决定不玩了！于是一起逃亡了，不知所终。
秦始皇听说这两个方士跑了，大怒道：“我不久前收缴了天下不中用之书，全部销毁；又召集大批文学之士和方士，想挥他们的作用，开创太平盛世，方士却劝谏我求奇药。现在方士一去无消息，徐福花费巨大，终究也没得到奇药。只有狡诈之徒为了图利，日日报告说有现。像卢生等人，我赐给甚厚，现在却诽谤我，给我扣上‘不德’的大帽子。这岂能容忍？诸生凡是在咸阳的，我都要派人查问，看是否有以妖言惑众的！”
于是，始皇帝派御史，对都所有的儒生和方士立案审讯，被审者只有供出有嫌疑的人，自己才可解脱。
高压之下，什么口供没有？如此辗转攀扯，查出犯禁者共有460余人，皆在咸阳坑杀，并公告天下，以警示其他知识分子。这之后，更有大规模的贬谪、流放，对象都是知识分子。
可怜这460多名都知识分子，是在渭水之滨被坑杀的，据说在今陕西临潼以西20里，就有一处山谷叫做“洪坑沟”，清乾隆时代的县志上载，此地又名“坑儒谷”，就是秦始皇当年的坑儒之地。
秦始皇的长子扶苏，是个有慈悲心肠的人，他对知识分子如此惨遭活埋看不过去，向父皇提出了委婉的劝谏：“当今天下初定，远方黔还未真心归顺，诸生也还都习惯于尊崇孔子。爹爹您现在全部施以重罚，臣恐天下不安，望父皇察之。”
这番话触怒了秦始皇，他现在只听得进法家言论，听不得“孔子”这两字，于是他把扶苏派到上郡，去做蒙恬的监军。扶苏这一去，就再也没有踏上归路。
秦始皇把扶苏送到北方边境，是要让他受点锻炼，知道国家不是那么好摆弄的，似乎还没有不再信任的意思，因为监军等于手握兵权。北方的30多万大军，是秦军的精华；从这一点看，秦始皇对扶苏还是寄予厚望的。
现代史学界对始皇焚书一般都予以指责，烧书总是不对的，有的烧了就永远不能恢复。但对于坑儒，却有不同看法，最极端的是《剑桥中国秦汉史》，干脆认为“坑儒事件”是瞎编的。
瞎编当然不太可能，司马迁写《史记》的时间距离坑儒并不远，他不可能把流言当做正史。还有学者说坑的都是骗子，不是知识分子，其实方士也是古代知识分子的一种，在社会中有他们独特的功用。秦朝以“查禁妖言”为名，一次坑杀460多个读书人，无论如何也是暴政。
秦始皇功高于天，这不假，但历史人物在做好事的时候，有时候不可避免地也会做坏事。古人对于政治，有他们自己的理解。一个开创性的大帝国，应怎么统治，也需要有一个漫长的探索和纠错的过程。
秦始皇焚书坑儒，对知识分子是空前的重创，有人视为民族千年之痛。他的这一举措，使得原六国的知识分子迅速离心，成为潜在的叛逆者。
专制政权，如果没有知识分子自群体参与，就无法完善和自我纠错。政权只依靠狱吏实行高压统治，使帝国政务变成了单纯的镇压与控制，再加上大工程的劳役空前繁重，百姓不堪其苦，知识分子趁势制造对抗舆论，帝国的基座也就十分不稳了。
秦始皇一定读过很多法家著作，但他要是能领会一点老子的精髓，就好了——辩证法，这是中国哲学最有用的瑰宝。