也就是16srrna。
这部分长度大约1500nt,不同物种略有差异,算是目前主流的九大新物检测步骤之一。
五分钟后。
裘生抬起头,对徐云道:
“老徐,准备好了,引物你觉得用啥?”
徐云想了想,很快道:
“1492r吧。”
“好嘞!”
半个小时后。
裘生抬起头,打了个响指:
“搞定,扩出来了,last的密匙你有吧?”
徐云朝他竖起一根大拇指示意干得漂亮,随后走到操作台边,噼里啪啦的输了一大串密匙。
做过新种检测的同学应该都知道。
16s相似度检测的界限其实有些模糊,因为不同分类群的检测相似度阈值是不一样的。
比如有的是97%,有的是99%。
只是在通常情况下。
相似度超过97%的,就可以认为是一个物种。
相似度低于97%的,就可以认为是不同物种,进行下一阶段检测。
不过就是这样一种不太精细的检测手段,却依旧是很多新物检测迈不过去的一道坎:
大部分样本在经过检测之后,都会现相似度在99.99%以上,与其他某某微生物是同一物种。
总而言之。
这项技术在定属方面还是靠谱的。
又过了一会儿。
裘生一脸惊喜的抬起头,声音骤然拔高了几分:
“老徐,相似度46.9%,46.9%!!”
“毫无疑问,这是一类新物!”
徐云认真的看了他一眼,确认道:
“只有一种新物吗?”
“没错,只有一种!”
徐云若有所思的点点头,又道:
“那就继续上磷脂脂肪酸和呼吸醌鉴定吧。”
众所周知。
新物鉴定一般都有九个流程:
1、16s相似度。
2、形态学观察。
比如这个菌的形状、大小、鞭毛情况等等,还包括最适生长条件的确定。
3、磷脂脂肪酸鉴定,这个具有属特异性。
4、呼吸醌,也就是看一下占优势的呼吸醌是哪种,这个有种特异性。
5、分子杂交,也就是测定基因组序列,草图就行,然后跟近源物种去比较。
相似度超过70%是一个种,低于70%是不同物种。
6、碳源利用情况,看一下能利用哪些碳源,一共有95种碳源的测试。
7、ap试剂盒鉴定,生理生化鉴定的一方面。
8、gc含量。
9、革兰氏染色。
大概经过这些方面的检查,就可以确定是不是新种了。(注:不知道这样写的比较详细大家愿不愿意看?这种详细流程应该没有其他书写过,找人问其实很麻烦的,要是还被嫌水下次我就不写了)
其中第五个流程,也就是分子杂交这次可以直接忽略——毕竟第一部测出来的46.9%实在是差距太明显了。
考虑到时间问题,徐云将几个步骤逐一分工,由几位工具人...咳咳,课题组成员同步进行。
五个小时后。
一道最终报告出炉了。
“节丛孢属的一类全新微生物,1000倍油镜下可观察到形态,体外具备大量假丝。”
“这种假丝可以分离,与目标结合完成某种化合反应,这是...秃头攻击?”
“一片青苔中可以高密度富集8000单位的极少量新物,特性上与嗜酸乳杆菌有一定类似...嗯?”
随后看着其中的一栏报告,徐云有些疑惑的抬起头,对裘生问道:
“老裘,新物对食物残渣的净化效果最为明显?”
裘生点了点头,指着不远处的一个培养皿道:
“经过我们的初步检测,这种新型微生物可以有效遏制残渣中氨气、有机酸和硫化物的生成。”
“并且对奈瑟氏菌和厌氧链球菌之类的细菌,有着极强的杀伤力。”
徐云微微一愣:
“奈瑟氏菌和厌氧链球菌?”
不过很快,他便反应了过来:
这两种西军,都是人体唾液和牙龈的标准分泌物之一:
每一毫升的普通唾液里可以寻找出奈瑟氏菌8000万个,在每一克牙龈分泌物中更是可以寻找出10亿个厌氧链球菌。
在食堂里吐出骨头啦、吐出西红柿皮啦、吐出半截蛆虫时沾染上这些细菌,最后流入下水管道是很正常的事情。
接着徐云指着报告,对裘生说道:
“老裘,新种只对食物残渣和唾液细菌有效吗?”
裘生沉吟片刻,答道:
“准确的说,新种对于其他一些臭味源也有一定的扼制作用,但效果都远不如食物残渣和唾液细菌。”
徐云疑惑的看了他一眼,问道:
“其他臭味源,都有哪些?”
裘生立时掰持起了手指:
“厕所里的小八小汉堡,还有小李找他室友要来的一小片两个礼拜没洗的手袜子,还有.......”
“停停停,打住打住!”
徐云额头顿时冒出了一股黑线,连忙止住了裘生的描述。
随后他强迫自己平复了一番心情,继续道:
“得,你干脆直接报数据吧。”
裘生很是恶趣味的一笑,又从桌上拿起了另一份报告:
“比起其他臭味源,新种对于食物残渣和唾液细菌的效果简直可以用逆天来形容。”
“比如我们富集到的一个新种植株,生物效能才8000单位,小的可怜。”
“可它将一块0.3立方厘米大小的食物残渣彻底净化干净的时间,前后也不过二十分钟罢了。”
说着说着,裘生不由在徐云面前比划了个8的手势:
“这才8000单位啊,你看现在青霉素的单位,哪个不是百万级起步?”
“老徐,你知道这意味着什么吗?”
徐云沉默片刻,随后眉头一掀:
“代表着......你的口臭有救了?”
........