但是，最重大的变化发生在良渚文化时期。
自崧泽末期至良渚早期开始，在良渚一带官井头聚落的墓地中对玉器的使用已出现了分化。
良渚早期瑶山墓地出现了大型祭坛和高等级墓葬，随葬大量玉石器成为重要的身份象征，墓葬随葬玉器最多的达700余件(套)，与庙前等普通墓地形成了巨大差别。
大略从良渚中期偏早开始，反山墓地更是一处相对独立、可称之为“王陵”的墓地，与周边大量普通墓地截然不同。
更为重要的是，良渚一带采用“草裹泥包”堆砌的高低坝水利系统，对于蓄洪调节水源已有整体的规划，可形成面积达8.5平方千米的蓄水库区。
而面积约30余万平方米、高约10米的莫角山大型人工堆筑基址，以及稍后完成的总面积290余万平方米、城墙底部宽度多在40—60米左右的城墙，还有更外围围成800多万平方米的的外廓城，城墙外的护城河与内城河与主河道之间开挖的支河道，形成城内的“井”字形河网，构成颇为完整的水路系统。
与此同时，整个太湖流域出现了多个规模较大、随葬品丰富、以玉为葬的高等级墓地，如江阴高城墩、常州寺墩、上海福泉山等.
但与瑶山、反山墓地均无法比拟，从而成为次一等级的中心聚落。
中心聚落之外都存在一定数量的普通聚落，在良渚古城外围的临平玉架山出现了6个环壕小聚落集中分布而组成的聚落群.
茅山遗址则可能是以从事稻耕为主的基层聚落，其他次中心聚落周围也大致如此。
由此可知良渚一带以莫角山为核心，以古城为重点，辅以水坝、河网系统而建立起来的中心聚落，经过了缜密规划，最终成为整个良渚文化的中心，一个可能具有一定集权特征的“金字塔形”的社会结构，已在良渚文化形成.
众所周知，人类发展的演变，一般是先经过原始部落时代，然后再到聚落时代，最后才会渐渐进入城邦、方国时代。
再往后，才是封建国家时代。
而良渚文明，显然就是突破了聚落时代，从聚落时代成熟的中心聚落，一步步往外扩张，并且形成了一个成熟的方国体系。
中心核心面积30平方米，是良渚国的宫殿区、祭祀区，稍后完成的面积近300平方米的城墙，包围在中间的，则是良渚国的内城。
并且这座城墙的宽度甚至有40-60米，这在五千年前，绝对是一座堪比天都的熊城！
而在内城之外，还有更外围围成800多万平方米的的外廓城。
并且，良渚国的这座都城，还是一座像威尼斯水城一样，建立在水中的城市。
凭借着外城的护城河，内城河，以及主河道之间开挖的支河道，在城内形成了复杂的河网，串联起了整个良渚古城的各个地区。
这说明良渚人的水运非常发达，有成熟的“河路网”体系！
这在五千年前的华夏大地，简直就是一个天顶星文明！
而这，只是良渚国的都城。
在都城之外，良渚还统治了长江下游地区大量领土，甚至北上与山东的聚落进行战争，掠夺土地！
哪怕是戴着有色眼镜的外国人，也不敢否认文明如此高度发达，城市如此成熟的良渚，不是一个古代方国，只是一个部落！