这一方面是为了进一步调动、分散江南大营兵力，另一方面是为了掩护石达开的东进。
自4月起，本在湖北督战的石达开率军东进，加入天京战场。5月底，石达开的大军进入天京外围，猛攻天京城南重要关隘—秣陵关。
秣陵关是江南大营重要据点，与其孝陵卫大营相距不远。向荣无奈，只得再次把最精锐的张国梁部调至秣陵关。
此时的江南大营，战线拉长，兵力分散，虚弱已极。清军吉尔杭阿部孤立在镇江城外，失去了江南大营的支援。
6月1日，太平军秦日纲、吴如孝两部大军猛攻困守高资烟墩山的吉尔杭阿。清军孤立无援，被太平军团团包围，八旗副都统绷阔、江宁知府刘存厚先后战死，吉尔杭阿使用手枪自杀。
秦日纲几乎全歼吉尔杭阿的大军，于6月13日回到天京近郊。此时，秦日纲的太平军已经接连征战四五个月，士卒疲惫不堪。
秦日纲并不知道江南大营虚弱已极，欲率军进城休整。杨秀清则不准秦日纲入城，要求他打破向荣设在孝陵卫的大营后才准入城。
陈玉成、李秀成二人入城晋见杨秀清，辩解说“向营久扎营坚，不能速战进攻。”
杨秀清则厉声说：“不奉令者斩！”
陈玉成、李秀成等“不敢再求，即而行战”。
6月20日晨，秦日纲、石达开、韦昌辉兵分四路，向江南大营发起总攻：
第一路，仙鹤门方向的太平军多路齐出，将敌营团团围困。
第二路，太平军二三千人翻过紫金山，从后路直插清营。
第三路，韦昌辉从天京城内派数千人出通济门，直扑七桥瓮；洪武门（今光华门）、朝阳门（今中山门）等处太平军守军亦分路出击。
第四路，紫金山上一支太平军四五千人由灵谷寺下山，攻破满洲马队营盘，纵火焚烧。
仅一昼夜功夫，太平军便打败江南大营，攻破向荣孝陵卫老营。向荣、张国梁等连夜败走淳化镇，次日又经句容逃往丹阳。
杨秀清运筹帷幄，指挥太平军连破清军江北大营、江南大营、江苏巡抚吉尔杭阿部三部大军，展现出卓越的军事才能。
尤其是江南大营，实力雄厚，长期围困天京。江南大营统帅向荣，自太平军金田起义以来，一直率军围攻太平军，成为太平军心中挥之不去的梦魇。
杨秀清不仅打败了江南大营，还打败了江北大营、江苏巡抚吉尔杭阿。经此一役，杨秀清的威望达到最高点，隐然已把天王洪秀全踩到了脚下。得意之余，杨秀清放松了戒备，派了不少心腹出京作战。
譬如，太平天国后期历史上威名赫赫的辅王杨辅清，便在此时被杨秀清派往江西湖口，负责督师江西，监视吴捷。
杨秀清最得力的心腹大将都死在了北伐战场上，此时又派杨辅清等人出京，无异于自毁长城。
这些东王心腹原本负有保卫东殿的责任。他们离京后，东殿防卫空虚，为天京事变埋下了隐患。
然而，北殿、翼殿兵马在前线战场上不断建功，实力不断扩大。杨秀清必须派亲信出京，加紧壮大东殿的力量，压制北殿、翼殿的扩张态势。
天王洪秀全对杨秀清不满已久，趁东殿心腹出京、杨秀清疏于防备，开始串联韦昌辉、石达开、秦日纲等人，试图趁机诛杀杨秀清。
“无所不知、无所不能、无所不在”的东王杨秀清，此刻也觉察到了洪秀全等人的阴谋。他先发制人，严令韦昌辉督师安徽、石达开督师湖北、秦日纲督师丹阳，把这三个实力派人物调离天京，轻而易举地破解了洪秀全的诡计。
然而，堡垒往往是从内部攻破的。天京情报站站长叶芝告诉吴捷：天京事变已经迫在眉睫了！