26世纪九十年代，不同殖民地的反叛势力持续扩张，在尤里的领导下，还在和联盟保持着对抗。虽然内部的冲突使得部分区域发展变得缓慢，但人类在卢普特星域的文明依旧在稳定的发展和进步中，很多重要科技相继获得突破。而这些争端，很快就被两股外界巨大势力的压迫下，弃之一旁。
正当联盟还在全力围剿着尤里的反叛军时，一支由一百艘战舰组成的外星舰队，没有任何征兆地出现在联盟最外围的殖民星球查尔萨拉上空，这些巨大的战舰毫无预警地开始攻击，地毯式轰炸着整个星球。这次突如其来的入侵和攻击，让联盟高层手足无措，急急忙忙派出军队支援。虽然他们从来没有遇见过外星人，但不得不派出支援部队前往对抗这神秘的敌人。他们是谁？来干什么？联盟高层乱作一团，争论不休......
当支援部队还未到达被攻击的星球，第一颗星球已经被毁灭殆尽。外星舰队已经驶向第二颗殖民星球。当外星舰队还悬浮在空中时，支援部队抵达了。联盟的舰队正慌忙地准备向外星舰队发起攻击时，这只自称为灵族的种族神秘地撤退了。正当联盟军队还在困惑的时候，又发现星球远处还有另一支完全不同模样的舰队。这些类似昆虫的军队与之前的灵族舰队有很大区别，他们的战舰竟然都是超级庞大的活生物！不过这些活物舰队很快也消失在太空里。两种外星人同时出现，让还在困惑的人类完全来不及反应。每个殖民星球都陷入了恐慌之中，再加上很多地区以往不断的争斗，使得各星球的防卫设施并不完善，只能眼睁睁看着一波又一波的外星入侵者朝着他们而来......