张居正先后请辞三次，都被万历皇帝给回绝了，这时候的万历皇帝处理朝政过于稚嫩，没有办法完全镇压满朝文武，一旦张居正离开朝堂三年，这三年朝廷之上将出现朝纲不稳的局面。张居正没有办法只好穿着孝服边工作，边为父亲守孝，在明朝时期，父亲去世如若子嗣不去守孝，道德上是要被批判的，有言官弹劾张居正，说他贪恋权贵，不去守孝，有的人说他大奸似忠，这让万历皇帝非常生气。
万历皇帝准备下旨收拾言官，但是被张居正阻止了，张居然为弹劾自己的官员求情，这让万历皇帝非常感动，果然不愧我的老师，做人就是大器。张居正位极人臣，他的权力大到，收拾任何人都不需要他亲自出马，自然有人代替他去了结弹劾过自己的官员，也就是说张居正表面大公无私，但是背后手段毒辣，这些为官手段被长大后的万历皇帝所熟知，万历皇帝甚至了解到，当初弹劾过张居正的官员，居然莫名其妙的死在流放的路上。
这事儿往小了说是打击报复，往大了说是欺君罔上，作为大明天子的万历皇帝怎么会允许这种事情发现，身为帝王居然被臣子玩弄鼓掌之中，所以他要报复张居正。
02、平息众怒
张居正去世以后，弹劾他的人越来越多，作为皇帝他是知道张居正为大明付出的所有功劳，但是现在众人都指责张居正，已经达到满朝文武皆嗤之以鼻的程度，再不做出反馈，以后大明王朝的天下岂不是乱成一锅粥，所以他下令惩治张居正，以堵众人悠悠之口。
明朝正德年间由杨廷和出任内阁首辅从此内阁开始真正走上发展的巅峰。从杨廷和迎立嘉靖皇帝即位，到之后的夏言、严嵩、徐阶先后担任内阁首辅，内阁的发展出现了一个黄金期，不仅在权力日益提高，成为国家不可或缺的机构，担任内阁首辅之人更是世之俊杰，更有了首辅、次辅、群辅之分，明朝逐渐形成了以内阁、锦衣卫、司礼监为主的三驾马车互相牵制的权力结构。
万历时期，张居正担任内阁首辅，是内阁权力最大的时期。张居正对内联合冯保让司礼监、锦衣卫、东厂和内阁保持一致，在外任用戚继光和李成梁掌握了国家军权，自己居中控制内阁把持了朝政。可以说当时的张居正是没有皇帝之名的皇帝，甚至有传称张居正和李太后传出了绯闻。获封中极殿大学士、吏部尚书、太子太傅、太子太师、上柱国的张居正可以说是明代最强首辅。
但是由于张居正的独断专行，为了避免内阁之中发生严重的争权夺利，经他挑选入阁的人在能力上都非常平庸，只知道唯张居正之命令是从，导致在他去世之后内阁首辅的继任者出现了青黄不接的情况，继任者大都能力平庸，内阁此次走向了衰败。
有人说：十年改革，让差不多要喝西北风的大明王朝终于开始有钱了，粮仓慢慢开始满起来了。所有一切的代价是张居正日以继夜地工作、加班。年轻人拼一拼还可以，张居正已经五十八岁了，想不猝死都难。
万历帝听说他死讯那一瞬间他很难过，自己视为父亲一样的人突然去世了。就像背后的大山突然倒下了。给他上谥号，为他举行极尽哀荣的葬礼。
等所有一切都办完，万历帝坐在自己的龙椅上笑了。从这一刻开始，这把龙椅才真正地属于自己。人很容易被一时的情绪所控制，“一时冲动”是许多恶性案件的开始。
等情绪退去，大家就开始后悔，
当时自己真像个傻子。万历皇帝也是如此，当他终于送走了控制他十年之久的内阁首辅，摄政大臣。他却发现张居正的影子依旧时时刻刻存在于朝堂上。当他处理一件事，大臣们窃窃私语地时候，他听到张居正的名字。当他想出去走走，大臣们劝阻他的时候，他听到张居正的名字。就算回到后宫，见到自己老娘，还是少不了听老娘念叨几声“张先生”。最可怕的是，他总会莫名去想张居正会怎么做？
这时候万历帝觉得自己真是个傻子，张居正算什么好人？难道要永远活在他的阴影下？他已经死了啊，到现在自己还拿不出帝王的气概来吗？他褫夺了张居正的谥号，朝中大臣嗅到了皇帝的心思，迟到的报复终于开始了。