说实话，现在学术界对林兆恩和三一教的性质至今也没有达成共识，这位一会宗师一会又教主的，到底是儒士还是道士，让人分辨起来确实有点难度。至于他开创的三一教，怎么看都不是一个学术团体吧？门人、百姓们都在家里上香供奉了，说不是宗教团体自己都不相信吧。
实际上这个问题不但教外的人弄不清楚，就连教内也有不同的观点。比如上面讲到的林兆珂，他从安庆太守任上退休以后就开始编写《林子年谱》，里面就把林兆恩和三一教定性为儒学正宗、心学圣统，很明确地表示林兆恩就是一位成就非凡的大儒。相信林兆恩坐上教主宝座之前应该也是胸怀这样的理想吧，不过当上教主以后是怎么想的就不好说了。
另外就是卢文辉，包括二传弟子陈衷瑜等，他们这一支，嗯，正统的一支，种种行为表现得俨然就是宗教才有的。他们认为林兆恩教主绝对不是一个人，而是一个无所不能的圣人，甚至更有意思的是，还有一种说法称林兆恩是弥勒的化身。
卢文辉还曾经作过一首谶纬诗，在三一教中广泛流传：
道脉相传自有真，
东山乌石现麒麟。
混元五百三龙会，
孔老释迦合一身。
有人解读分析这首诗，意思是说500年后，正好是林兆恩诞辰500周年，大概算了一下，应该是2017年的时候，会有三龙聚会的大事发生，林兆恩则会挟大势回归，不但真正成就圣人之位，三教也会真正实现合一的壮举。
2017年已经过去了，道友们可以回想一下那一年发生过什么大事，十九大胜利召开、朴槿惠下台、《人民的名义》霸榜、佛系成为热词……似乎没有什么和林兆恩回归现实并且一统江湖有关系，看来这个教主就算回归了，估计也没有造成多大的轰动吧。
总之，无论三一教是一个民间的学术团体，还是一个宗教组织，或者说就是一个道教教派，不同人有不同的观点，道友们支持哪个阵营就自己选边站队吧。
下面主要讲一讲三一教的儒、道方面的东西。
三一教是本着佛、道、儒三教合一而归儒，儒再归孔子，所谓的“归儒宗孔”，显然，林兆恩的思想体系还是以儒家为主的。
林兆恩认为孔子的学问也是心学，三教归儒也是要宗孔子之心。因为三教研究的都是心身性命之学，孔子研究心性，尽心知性，黄帝老子研究心性，性命双修，释迦牟尼也研究心性，明心了性，心、性、命是一样的，贯一、得一、归一，天下的学问不就是相同的了吗？
就是说，在三一教的认知中，三教不但在理论方面可以达成一致，在立身处世上也是相同的，无非是内外双修罢了。内为心性，外为人伦，都要内外兼修，从古到今哪有什么不同？
林兆恩受王阳明的心学影响很深，对朱熹的思想同样也吸收了很多，他认为自己的心是虚的，因为虚才可以明，才不会被外物蒙蔽，类似于本来无一物，何处惹尘埃的境界。心明了，就可以很自然得恢复本体，就是达到虚明的状态。当然了，具体怎么才能达到虚明的状态就不展开讲了，不过有一点需要提出来，就是林兆恩对朱熹的思想总体上还是批判得多一些。比如林兆恩曾经注解过四书，其中有《大学正义》，仔细研究的话就会发现，他对朱熹的明德、格物是不怎么赞成的，仅对持敬有所继承，而且还通过持敬进一步发展了格物和主敬，从而形成了三一教的一套主敬存心的修养方法。
当然了，全面看林兆恩的理论体系，应该说里面属于王阳明心学范畴的要多一些。原来大家讲三教合一，没有抓住重点，没有解决三教存在很多差别的问题，所以没有真正打破三教间的壁垒和隔阂。当年王阳明用致良知去区分儒、释、道三教，所以在他的眼里三教本来就没什么差别，或者说三教本来就是些细枝末节有点不同。林兆恩的家庭是阳明心学的拥趸，在三教关系的判别上甚至比王阳明更进了一步。如果三教真正合一，就需要从内到外彻底消除这些隔阂才行。
三一教是以“心身性命之学”为基础的，以儒家的纲常礼教立本，以道教的修身炼性入门，以佛教的虚空本体为极则，以世间法和出世间法一体化为立身标准，以归儒尊孔为宗旨的，所以说三一教实质上就是三教归在一个心字上，这就是三一教的思想体系。
当然了，如果展开讲的话，这又是一个很大的话题，道友们清楚这一点就可以了。其实这也很正常，王阳明的心学取代程朱理学，是有着资本主义萌芽的大背景的，被生活在那个时代，而且还是长期活动在东南沿海一带的林兆恩所接受并一点也不奇怪。
这里的关键是以儒家思想为核心的，心性就是伦常，伦常也就是心性，换言之就是心性的内容就是伦常，所以教导人必须遵守三纲五常，为的是救世，缓解社会矛盾。早年，应该说是森兆恩一生都在致力于宣扬三纲五常，而且还曾经自号三纲先生。当然，林兆恩的号比较多了，特别是晚年还自号混虚氏、无始氏，显然对自己的地位非常有自信了。