一桩桩一件件，都说明了王允的为人，是一位心怀天下忠于汉室，并且有能力有手腕有名望的汉室忠臣。而面对比宦官外戚更加粗暴凶残更加具有威胁的董卓，可能是之前被张让下狱的影响，也可能是年纪大了懂得迂回隐忍了，虽然王允已经敏锐地意识到董卓将成为威胁东汉政权的最大隐患，必须采取必要措施遏制和除掉董卓。可是，董卓手中掌握有强大的军事力量，党羽众多，而且董卓本人凶残毒辣，如果主动出击，只能是以卵击石。
于是，王允采用曲线救国之策，表面上一味听任，甚至顺从董卓，让他放松对自己的戒备，实际上却在细心计划，周密布置。董卓进入洛阳后，为了站稳脚跟和扩大势力，曾极力拉拢朝中有影响的官员。王允不动声色，顺势归顺，尽量迎合。有时，王允不惜矫情曲意，偏违原则，来换取董卓的信任。董卓见王允不但具有才识，而且对自己忠心耿耿，毫无二心，于是便把王允当作自己的心腹亲信，对王允不生丝毫疑心，无论朝政大小，都托付给王允处理。
在与董卓表面敷衍的同时，王允暗中积极组织和筹备反董卓的斗争。王允首先与司隶校尉黄琬、尚书郑公业等人共同商议诛杀董卓的计策。
于是便使出了着名的美人计，王允先诱吕布对义女貂蝉一见钟情，再将其许给董卓，再由貂蝉向吕布倾诉其被强迫，有多么的不得已，使得吕布对董卓产生怨恨，随后想办法让董卓恰巧碰见二人私通以激怒董卓。
此法果然奏效，董卓怒极，以小戟掷吕布，若非吕布躲得快，差点就死了。
随后王允再适时将吕布拉拢过来一起谋划除掉董卓，此时吕布正六神无主，深怕董卓杀了自己，再加貂蝉被抢的怨念，二人一拍即合。
数日后，吕布同乡李肃前往郿坞面见董卓，言陛下想禅位于董卓请董卓前往皇宫，董卓大喜，命傕郭汜张济樊稠四人领飞熊军三千守郿坞自己即日排驾回京。
待董卓的车驾走到北掖门军兵尽挡在门外，独有御车二十余人同入。王允持剑率百余兵士劫杀，董卓身着盔甲伤而不死跌下马车，被吕布持戟直刺咽喉，李肃顺势割下头颅，一代暴君董卓就这么被两个信任的人合谋诛杀。
董卓死后，李儒被家奴绑了，王允命斩于市槽。又将董卓尸号令通衢。卓尸肥胖看尸军士以火置其脐中为灯膏流满地。百姓过者莫不手掷其头足践其尸。王允又命吕布同皇甫嵩、李肃领兵五万至郿坞抄籍董卓家产人口。
却说李傕郭汜张济樊稠闻董卓已死吕布将至，便引了飞熊军连夜奔凉州去了。吕布至郿坞先取了貂蝉。皇甫嵩命将坞中所藏良家子女尽行释放。但系董卓亲属不分老幼悉皆诛戮。卓母亦被杀。卓弟董旻侄董璜皆斩号令。收籍坞中所蓄黄金数十万、白金数百万、绮罗珠宝器皿粮食不计其数。长安兵民百姓相庆于道，卫士皆呼万岁，尽诛董氏宗族。于是，朝廷以王允录尚书事，以吕布为奋威将军、假节，仪比三司。共秉朝政。