孙策伤势甚重，自知不久于人世，就请张昭等人，
托以后事：“中原正在大乱之中，凭我们吴、越的兵众，
三江的险固，足以观其虎斗成败。你们要好好辅佐我弟弟！”
又招呼孙权，将印绶交予他，对他说：“率领江东兵众，决战两阵之间，
横行争衡天下，你不如我；但举贤任能，使其各尽其心，用以保守江东，我不如你。”
到夜间孙策便去世了，年仅二十六岁。
孙权登基称帝后，追谥孙策为“长沙桓王”。
为孙策立庙于建业朱雀桥南，后来派太子孙和前去亲祭。
兴平二年，孙策在周瑜、程普和黄盖等人的支持下，从历阳渡江，
首先打败了牛渚营（今采石矶）的刘繇，夺得仓库中所有粮食和兵器战具。
当时，彭城相薛礼、下邳（今江苏省睢宁县古邳镇）相笮融都依附刘繇，
奉他为盟主，薛礼占据秣陵城（今江苏省南京市），而笮融驻扎在秣陵县南。
孙策首先攻打笮融，斩杀五百多人，笮融害怕，紧闭营门，不敢妄动。
孙策转而挥师攻打秣陵城（今江苏省南京市）的薛礼，薛礼突围逃走。
这时樊能、于麋等人，又纠集兵士来夺牛渚。
孙策立即回军，打败他们，俘获男女万馀人。后再次进攻笮融。
在与笮融的战斗中，孙策腿部中箭，无法乘马，部下抬他回营疗伤。
在孙策受伤之时，曾经投降的“男女万馀人”趁机反叛，
孙策的舅舅吴景率军攻讨反叛者，将反叛者们全部擒获。
有的反叛者逃到笮融的营中，说：“孙策被箭射死了！”
笮融听闻孙策的死讯，非常高兴，于是派遣军队重新进军，与孙策的部队进行对垒。
孙策先派遣数百兵马挑战诱敌，又在后面埋伏好兵马。
等到笮融的军队出击时，孙策的数百兵马假装溃败，
将敌兵引入包围圈中，然后，孙策一声令下，伏兵尽起，斩杀敌军一千多人。
孙策乘胜进攻笮融的营地，并命令将士们高声喊话：“孙郎究竟如何了？”
喊声震撼敌营。不少敌兵听闻了孙策没死的消息，吓得连夜奔逃。
笮融听闻了孙策没死的消息，越发恐惧，深沟高垒，严加守备。
孙策见笮融负险固守，一时难以攻克，便引兵南向，
先在梅陵（今安徽省南陵县）击败刘繇的别部，
接着转兵攻克湖孰（今江苏省江宁县南湖熟镇）、江乘（今江苏省句容县）等地。
然后整顿部队，到曲阿与刘繇决战。
刘繇与孙策交战，遭到惨败，逃往丹徒（今江苏省镇江市），
孙策入据曲阿（参见曲阿之战）。孙策大军所到之处，军士们严遵将令，
不掳掠百姓，鸡犬菜茹，秋毫无犯。
于是，百姓十分喜悦，争着用牛、酒犒劳部队。
孙策慰劳赏赐将士，派遣部下陈宝到阜陵迎接母亲和弟弟。
又发布文告，告知下属各县：“刘繇、笮融的乡人和部下来投降的，
一概不多问其他；愿意从军的，可以从军，并免除全家赋税徭役；
如果不愿从军，绝不勉强。”文告发布后，来归附者从四面八方赶来，
不长时间，就招得士兵两万多，征得马匹一千多。自此，孙策之名威震江东。
建安元年，孙策继续进攻江东各地，吴郡人严白虎等各率有一万多人，
驻扎严守各自的地盘。吴景等想先击破严白虎等，然后再到会稽。
孙策说：“严白虎等群盗，心无大志，凭此就能将其擒获。”
于是率兵渡过浙江，直逼会稽。会稽功曹虞翻劝太守王朗暂避孙策的锋芒，王朗不听，
发在固陵（浙江省萧山县）阻击孙策。孙策几次发动进攻，均未能奏效。
孙策的叔父孙静献策，建议声东击西，从查渎进兵，出其不意，攻其不备。
孙策依计。于夜里一面到处点燃火把，迷惑、牵制正面之敌，
一面分出兵马悄悄从查渎出击。王朗出于意外，大惊，派周昕率兵仓猝迎战，
孙策斩杀周昕，长驱直入。王朗败溃，带虞翻乘船逃到东冶（今福建省福州市）。
孙策派贺齐追击，王朗投降，于是会稽平定。
建安四年，袁术病死，其部下为庐江太守刘勋得到，刘勋的兵力骤然大增。
于是孙策以卑微的言辞和财宝劝说刘勋攻取上缭。
于是，刘勋悄悄率军经过彭泽，来到海昏地方。
当地守将坚壁清野，留下一座空城，刘勋一无所获。
刘勋又转而进攻上缭。
当时，孙策正率军西征黄祖，刚走到石城（今安徽省贵池县），
听说刘勋率军袭取海昏，立即让孙贲、孙辅率领人马驻在彭泽，
准备拦击刘勋，自己则率周瑜带兵两万绕袭刘勋的大本营皖城，
一举攻破，俘虏三万多人，并抓到了袁术和刘勋的妻子儿女。
孙策上表任命李术为庐江太守，拨给他三千人马保卫皖城，
其余人众，全部移往吴地。
随后，孙贲、孙辅又在彭泽打破刘勋，刘勋退入楚江（今长江），
又经浔阳到置马亭，听说孙策已经率军攻克了皖城，又逃到了西塞，
接着又逃往流沂（今湖北省鄂城），在这里构筑营垒自守，并向刘表告急，
向黄祖求救。黄祖派他的儿子黄射率水军五千人来援，孙策挥师进攻，
刘勋败逃，投奔曹操，黄射也逃跑了。孙策又得到刘勋两千多兵士和一千多艘战船。
初平三年，孙坚被杀，孙策举家迁到江都。在江都期间，
孙策数次拜访扬州名士张纮，和他研究天下大势。
并说出了其立足江东的策划，第一步从袁术手中索要其父孙坚的部队，
然后渡江南下寻求其舅父丹阳太守吴景的支持，以丹阳为根据地招募军队，
占领吴、会稽等郡，进而讨伐刘表、黄祖，为其父孙坚报仇，最后建立孙吴政权。
该策划得到了张纮的认同，并在张纮的补充完善下，
成为孙吴政权建立和发展的既定策略。
建安二年（197年），袁术占有传国玉玺正式僭越称帝，孙策趁机与其决裂。
孙策之所以如此，是因为他一方面可以摆脱袁术的势力，攻占扬州；
另一方面进攻刘表，为其父孙坚报仇，最后实现“荆、扬可一”的既定策略。