虽然智能管理系统被安装在四艘战舰上，但作为主舰的远航一号被设定为领航舰，其他三艘战舰自动跟随远航一号，前往艾尼赫兹星系。如果领航舰出现意外状况，其他战舰将依次替代成为领航舰。
公元2340年，四艘超级战舰出发了。在这段被后世称为长眠远航的漫长远行中，智能管理系统持续观察和搜集那些躺在休眠仓中人类的数据，分析评估这些有机体内的基因突变的情况。智能系统在少许人的体内发现了一组非常强力的基因组，虽然这个基因组只存在于不到千分之一的人类身上，但很明显，这个基因可能改变人类发展和进化的过程。智能系统推测，如果这些人类能够在新的环境中生存下来，在几个世代人后应该可以顺利产生心灵感应能力并拥有更多的感官能力和操控能力。这个发现被系统记录下来，并发送给克里的数据库中。
这次远航原本只有5年旅程，需要跃迁三次，途经3个星系到达目的地（初级跃迁技术，跃迁距离有限）。在刚刚跃迁了2次后，却遭到了命运的捉弄（是否是人为也不得而知）。在准备第3次跃迁前的某个时间，连接智能管理系统上的导航失效了，这不旦导致目的地坐标的丢失，连地球的坐标也无法定位找回。这四艘超级战舰，带着孤立无援的休眠者，漫无目的在陌生的星空航行了30年后，靠近了一个有可居住行星的星系的边缘，这里距离地球有七万光年之远。
远航战舰的引擎相继到达使用寿命，几乎全部快停止工作，生命维持系统也几近枯竭。所有的战舰进入紧急状态，自动寻找最近的可居住行星进行迫降。远航一号和远航二号迫降在后来被命名为达纳苏斯的行星上。但是远航二号在穿越大气层前，系统就已经受损，进入大气层后并为减速，直接砸向地面，坠毁了。全舰两万多名乘客全部遇难。远航一号是最幸运的，他直接安全降落到了地面。远航三号和四号也比较幸运，分别顺利降落在另外两颗蓝色后被命名为莱德和绿色后被命名为莫瑞亚星球上。
当战舰降落后，这些休眠者便慢慢苏醒过来。他们试图搞清楚现在所在位置，到底途中经历了什么，为什么没有看到其他战舰。休眠者们尝试进入战舰的管理系统，发现了解战舰的现状后，他们开始怀疑还能不能回到地球。在发现战舰的系统和引擎已经损坏无法修复后，这些被流放存活的人类开始拆解战舰，利用一切可以利用的资源，试图在新的环境中存活下来......